En résumé
Un plugin est une analyse empaquetée : on la configure au lieu de la réécrire, et elle devient un widget disponible dans tous les projets de l’espace de travail. Linkr en fournit une bibliothèque, marquée Intégré, et vous pouvez créer les vôtres — à partir d’un plugin existant ou d’une page blanche — dans un éditeur qui permet de les tester sur vos données avant de les diffuser.
Pourquoi empaqueter une analyse
Une analyse utile est rarement utile une seule fois. La même courbe de survie, le même tableau descriptif, la même carte de contrôle reviennent d’un projet à l’autre, à quelques colonnes près.
Sans plugin, on recopie le code d’un projet vers le suivant. Et le jour où l’on corrige une erreur, on la corrige dans un seul exemplaire — les autres continuent de produire des chiffres faux.
Un plugin déplace le curseur : l’analyse est écrite une fois, exposée avec des réglages, et ce sont les réglages qui changent d’un projet à l’autre. Ce qui se corrige se corrige pour tout le monde.
Deux familles de plugins
Un plugin déclare où il s’utilise, et c’est ce qui détermine à quels endroits de Linkr il apparaît.
Laboratoire
Les analyses qui travaillent sur un jeu de données — une ligne par patient.
Ce sont les plus nombreux : tableau descriptif, survie, régression, graphiques. Ils sont partagés entre la page Jeux de données et les tableaux de bord : une analyse mise au point sur un dataset se pose ensuite telle quelle comme widget.
Entrepôt
Les vues qui travaillent sur les données individuelles d’un patient.
Frise chronologique des mesures, résumé démographique, notes cliniques. Ils apparaissent dans les tableaux de bord patient, où l’on regarde un dossier à la fois plutôt qu’une population.
La distinction tient à la forme des données. Un plugin de laboratoire reçoit un tableau ; un plugin d’entrepôt reçoit le dossier d’un patient. La page Plugins les range dans deux onglets, Data Warehouse et Laboratoire, et un plugin créé prend la famille de l’onglet ouvert.
Les plugins fournis
Linkr est livré avec une bibliothèque d’analyses prêtes à l’emploi — tableau descriptif, survie, régression, cartes de contrôle, graphiques, indicateurs, carte géographique. Elles portent le badge Intégré et couvrent l’essentiel des besoins courants. Leur code fait partie de l’application : elles se consultent, mais ne se modifient pas — leur carte n’a pas de menu ⋯.
Plugins
Créer et gérer des plugins d'analyse.
Tableau descriptif d'une population
Courbe de survie et test du log-rank
SOFA calculé par jour de séjour
Suivi d'un indicateur dans le temps
Leur catalogue détaillé est en page Widgets intégrés.
Le plus simple reste de les voir. Dans la démo, la page Plugins de l’espace de travail les liste tous : ouvrez-en un pour lire sa documentation et parcourir ses réglages.
Chaque plugin porte sa documentation
Un plugin embarque son propre mode d’emploi, consultable depuis l’onglet Doc au moment de configurer un widget. C’est là qu’on trouve ce que fait exactement une option — plus fiable que de le deviner depuis son nom.
Créer le vôtre
Trois points de départ, du plus simple au plus libre.
Dupliquer un de vos plugins
La voie la plus courante : partir d’une analyse qui marche et l’adapter. Le plugin d’origine reste intact. Les plugins intégrés, eux, ne se dupliquent pas.
Créer un plugin vierge
Pour une analyse qui ne ressemble à aucune autre. Vous écrivez le code et déclarez les réglages qu’il expose.
Importer un plugin
Reprendre le plugin d’une autre équipe, depuis l’archive ZIP qu’elle en a exportée : bouton Importer de la page. Voir Import et export.
L’éditeur
Un plugin est un ensemble de fichiers — son manifeste plugin.json, le modèle de code de l’analyse, sa documentation. L’onglet Code de l’éditeur les liste à gauche, ouvre le fichier choisi au centre, et ajoute à droite un volet de sortie à trois onglets qui fait la différence.
- Config — l’aperçu des réglages tels que les verra l’utilisateur du widget. C’est le moyen de vérifier qu’une option est compréhensible sans avoir lu le code.
- Code — le code tel qu’il sera exécuté, une fois les réglages remplacés dans le modèle.
- Résultats — la sortie du plugin sur de vraies données. Configuration du test, dans la barre d’outils, choisit le projet et le jeu de données (ou, pour un plugin d’entrepôt, la base et le patient) et le langage ; Exécuter lance le test. Indispensable avant de mettre une analyse entre les mains d’une équipe.
Un plugin modifié affecte les widgets existants
Les widgets déjà posés sur des tableaux de bord utilisent le plugin, ils n’en gardent pas une copie. Modifier l’analyse change donc ce qu’ils affichent. Le tableau de bord le signale — « 2 widgets utilisent une version de plugin modifiée depuis leur création » — avec Accepter la nouvelle version pour chacun ; mieux vaut le savoir avant de publier une correction.
Partager un plugin
Un plugin est une entité comme les autres : il porte un auteur et une licence, s’exporte en archive ZIP et se versionne dans un dépôt git, depuis le menu ⋯ de sa carte. Il voyage aussi dans l’export de son espace de travail. Voir Entités et partage.
Pas encore de plugins dans le catalogue
Le catalogue communautaire ne liste pas de plugins pour l’instant : on n’y installe ni n’y publie de plugin. Pour en transmettre un, envoyez son archive ZIP, ou partagez l’espace de travail qui le contient.
C’est ce qui permet à une méthode d’analyse de circuler entre établissements sous une forme directement exécutable, plutôt que sous forme d’article à réimplémenter.
Pour aller plus loin
- Widgets intégrés — le catalogue des analyses fournies.
- Code R et Python — pour une analyse ponctuelle qui ne mérite pas un plugin.
- Publier du contenu — l’auteur, la licence et la version, à renseigner avant de transmettre un plugin.