En résumé
Un projet ne possède pas de base : il lie celles de l’espace de travail dont il a besoin. La page Entrepôt de données › Bases de données du projet liste ces bases liées ; chacune s’ouvre sur sa page de détail, en lecture seule. Délier une base ne supprime rien.
Les bases liées au projet
Une base se déclare une fois, dans l’entrepôt de l’espace de travail — c’est là qu’on la crée, qu’on la modifie, qu’on l’exporte et qu’on la versionne, voir Bases de données de l’espace de travail. Le projet, lui, s’y lie. Plusieurs projets peuvent ainsi travailler sur la même base sans la dupliquer.
La page du projet reprend les cartes de l’entrepôt : le nom de la base, son statut, son moteur et son schéma, le nombre de patients une fois connu. Une recherche et un filtre par statut aident quand la liste s’allonge.
Bases de données
Les bases de données liées à ce projet fournissent les données de son entrepôt et de ses analyses.
MIMIC-IV démo (OMOP)
Connectée · Duckdb / OMOP CDM 5.4
100 patients
Lier une base
Le bouton Lier une base ouvre la fenêtre Lier une base de données. Elle ne propose que les bases du même espace de travail qui ne sont pas encore liées au projet ; un clic sur l’une d’elles la lie.
S’il n’y en a aucune, la fenêtre l’indique — « Aucune base disponible à lier ». Le bouton Nouvelle base de données, en bas de la fenêtre, ouvre alors la fenêtre Ajouter une base de données : la base est créée dans l’espace de travail et liée au projet dans la foulée. Sa configuration est décrite dans Ajouter une base.
Délier une base
Le menu … d’une carte n’a qu’une entrée : Délier. Après confirmation, la base quitte le projet mais reste dans l’entrepôt, intacte, pour les autres projets. Pour en délier plusieurs, sélectionnez les cartes avec ⌘/Ctrl + clic ou Maj + clic, puis Délier.
Lier et délier demandent le rôle éditeur sur le projet.
Supprimer une base, c'est dans l'espace de travail
Un projet n’offre ni Modifier, ni Exporter, ni Supprimer : ces actions portent sur la base elle-même, partagée par tous les projets qui s’y lient. Elles se trouvent dans Entrepôt de données › Bases de données de l’espace de travail.
Consulter une base depuis le projet
Cliquer une carte ouvre la page de détail de la base, la même que dans l’espace de travail, mais en lecture seule et sur cinq onglets : Aperçu, Statistiques, Schéma, Mapping et SQL.
Les statistiques n'ont pas encore été calculées
Les compteurs ci-dessous affichent « — » tant qu'elles ne sont pas chargées. Sur de grosses bases cela peut être lent : elles ne sont donc calculées qu'à la demande.
Readme
MIMIC-IV démo (OMOP)
Extrait de démonstration de MIMIC-IV converti en OMOP CDM 5.4 : 100 patients, leurs séjours en réanimation, leurs mesures et leurs prescriptions.
- Source : MIMIC-IV Clinical Database Demo 2.2 (PhysioNet)
- Dates décalées par patient, comme dans MIMIC
- Vocabulaires : SNOMED, LOINC, RxNorm, ICD-10
À propos
Connexion
/srv/linkr/data/databases/mimic_iv_demo.duckdb412,3 Mo
Ce qui change par rapport à l’espace de travail :
- Pas d’onglet Cohortes — les cohortes d’une base sont celles de l’entrepôt. Celles du projet se construisent dans Cohortes.
- Pas de menu Plus — le readme, la licence, l’export et le versioning décrivent la base : ils restent dans l’espace de travail. L’Aperçu montre le readme, sans bouton Modifier.
- Un mapping en lecture seule — les surcharges appartiennent à la base, voir Le mapping d’une base.
Le reste se lit comme dans l’espace de travail : les statistiques se calculent à la demande avec Charger les statistiques, l’explorateur de schéma donne les colonnes et leurs statistiques, et la console SQL interroge la base. Tout est décrit dans La page de détail.
Choisir la base d’une page
Un projet peut lier plusieurs bases — une base brute et sa version OMOP, deux établissements. Les pages du projet qui lisent des données demandent alors laquelle : Concepts a un sélecteur de base dans sa barre d’outils, une cohorte se crée sur une base choisie dans sa fenêtre de création, et un tableau de Données individuelles aussi. Ces sélecteurs ne proposent que les bases liées au projet.
Pour aller plus loin
- Bases de données de l’espace de travail — créer une base, lui rattacher un schéma, lire sa page de détail.
- Concepts — ce que contient réellement une base liée.
- Cohortes — sélectionner des patients dans une base liée.