En résumé
Une cohorte délimite une population : les patients de plus de 65 ans hospitalisés pour sepsis en 2023. Elle se construit par critères combinés en ET et en OU, sans écrire de SQL — mais le SQL reste visible et modifiable. Le diagramme d’attrition montre combien de patients chaque critère élimine, et Alimenter fige la liste des membres.
Définir qui entre dans l’étude
C’est la première étape concrète de la plupart des projets, et celle qui engage le plus : les critères d’inclusion déterminent ce que vaudra tout ce qui suit.
Dans Linkr, une cohorte n’est pas une liste d’identifiants collée depuis un tableur. C’est une définition — un ensemble de critères — que l’on peut relire, discuter, corriger et rejouer. Ce qui change tout au moment de publier : vous transmettez le raisonnement, pas seulement son résultat.
Une ligne par quoi ?
Avant les critères, une question à trancher : Une ligne par quoi ?
| Niveau | Ce qu’une ligne représente |
|---|---|
| Patient | Une personne, quel que soit son nombre de passages. |
| Hospitalisation | Un séjour hospitalier. Un même patient peut apparaître plusieurs fois. |
| Séjour en unité | Un passage dans une unité — un séjour en réanimation au sein d’une hospitalisation. |
| Événement | Une occurrence isolée : chaque administration, chaque mesure. |
Le choix dépend de la question posée. « Combien de patients ont reçu de la noradrénaline ? » se compte au niveau patient ; « quelle est la durée médiane de séjour en réanimation ? » au niveau séjour en unité.
Ce choix se change à tout moment
Le niveau se modifie dans la barre d’outils sans perdre les critères. Il vaut la peine de comparer : une cohorte de 800 patients peut correspondre à 1 200 hospitalisations, et l’écart est souvent instructif.
Les critères
Ajouter un critère propose huit types.
Âge
Un minimum, un maximum, en années, mois ou jours — âge actuel ou à l’admission.
Sexe
Homme, femme, inconnu.
Décès
Décédé ou vivant, durant l’hospitalisation, durant le séjour en unité, ou à n’importe quel moment.
Période
Une fenêtre de dates.
Durée de séjour
En heures, jours ou mois, au niveau hospitalisation ou séjour en unité.
Lieu de soins
Une ou plusieurs unités.
Concept
Un diagnostic, un médicament, un examen. Le plus utilisé — voir ci-dessous.
Texte libre
Une recherche dans les comptes rendus.
Le critère Concept
Vous choisissez la table d’événements — diagnostics, prescriptions, biologie — puis les concepts concernés. Deux raffinements s’ajoutent :
- un filtre sur la valeur : une créatinine, mais seulement au-dessus de 200 µmol/L ;
- un nombre d’occurrences : au moins trois mesures, et non une seule.
Le nombre d’occurrences se compte au niveau de la cohorte. Sur une cohorte au niveau patient, « au moins 3 » signifie trois fois pour ce patient, tous séjours confondus.
Le critère Texte libre
Pour ce que les données structurées ne portent pas : une mention dans un compte rendu. Vous cherchez dans le titre ou le corps du document, selon trois modes — contient, mot entier, ou expression régulière.
Plusieurs termes se combinent en « n’importe quel terme » ou « tous les termes », et une recherche peut être inversée avec NON.
Le mot entier évite les faux positifs
Chercher contient « sepsis » remonte aussi « asepsie ». Le mode mot entier écarte ce bruit, qui est la première cause de cohorte trop large.
Ce critère exige des comptes rendus mappés
Si aucune table de documents n’est déclarée dans le schéma de la base, la recherche ne peut pas s’exécuter : le critère reste affiché, à titre descriptif, mais ne filtre rien. Voir Schémas.
Combiner : ET, OU, NON
Les critères s’assemblent en groupes, et les groupes s’imbriquent. C’est ce qui permet d’exprimer une définition réelle :
(sepsis OU choc septique) ET âge ≥ 18 ans ET NON (transfert depuis un autre centre)
Chaque critère porte trois commandes utiles :
- ET / OU, qui décide comment il rejoint le précédent ;
- NON (
exclude), qui l’inverse — c’est ainsi qu’on écrit un critère d’exclusion ; - Activer / Désactiver, qui le neutralise sans le supprimer.
Désactiver plutôt que supprimer
C’est le geste à retenir pour tester une définition : désactivez un critère, relancez, comparez l’effectif. Vous mesurez son poids réel sans perdre son paramétrage — et vous pouvez le réactiver après.
Exécuter et lire l’attrition
Exécuter lance la requête et remplit le panneau de droite, avec deux onglets.
Résultats affiche les lignes et leur nombre. Attrition donne le diagramme que réclame toute publication : combien de patients après chaque critère, appliqués dans l’ordre.
C’est la lecture la plus instructive de la page. Un critère qui fait tomber l’effectif de 4 000 à 40 est presque toujours un critère mal écrit — un concept absent de cette base, une unité de mesure inattendue — plutôt qu’une population réellement rare.
Les résultats affichés sont plafonnés à 10 000 lignes
L’effectif total reste exact : seul l’affichage est limité. Pour exploiter une cohorte plus large, exportez en CSV ou figez-la.
Le SQL reste accessible
La bascule Critères / SQL montre la requête engendrée par vos critères. Elle sert d’abord à comprendre, et à vérifier.
Elle se modifie aussi. Un SQL édité à la main est signalé par une pastille, et un avertissement prévient : revenir toucher aux critères régénère la requête et écrase vos modifications.
Un SQL personnalisé désactive l'attrition
Linkr calcule l’attrition en déroulant vos critères un à un. Avec une requête écrite à la main, il n’y a plus de critères à dérouler : seul l’effectif total est calculé. C’est le prix de la liberté du SQL, à mettre en balance avec le diagramme dont vous aurez besoin pour publier.
Figer une cohorte
Alimenter enregistre la liste des membres à un instant donné. La barre d’outils affiche ensuite Figée le avec sa date.
La distinction avec l’exécution est importante :
Exécuter
Un aperçu, recalculé à chaque fois.
Sert à mettre au point la définition. Si la base évolue, l’effectif change.
Alimenter
Une liste figée, conservée.
C’est cette liste que lisent les autres pages. Elle ne bouge plus tant que vous ne la régénérez pas.
L’intérêt est la reproductibilité. Un entrepôt hospitalier se met à jour en continu : sans instantané, deux analyses lancées à un mois d’intervalle ne portent pas sur les mêmes patients, et vos chiffres deviennent impossibles à retrouver. Figer la cohorte fixe le dénominateur.
Régénérer demande confirmation, en rappelant que les effectifs peuvent différer.
Les cohortes au niveau événement ne se figent pas
Une cohorte d’événements n’a pas de table de rattachement unique permettant d’en conserver la liste. Le bouton est désactivé et l’explique.
Ce qu’une cohorte alimente
À connaître pour ne pas la chercher là où elle n’agit pas.
Une cohorte filtre la liste des patients de la page Données individuelles : vous sélectionnez la cohorte, et vous ne parcourez plus que ses membres.
Une cohorte ne filtre pas encore les jeux de données ni les tableaux de bord
C’est la limite à connaître. Pour travailler sur les données de votre cohorte en dehors de la page Données individuelles, exportez les résultats en CSV, ou reprenez son SQL dans une collection de scripts.
La cohorte apparaît aussi comme un nœud du pipeline, mais celui-ci est un schéma sans exécution : ce nœud documente l’enchaînement, il ne filtre rien.
Échanger avec OHDSI ATLAS
Une définition s’importe et s’exporte au format JSON d’OHDSI ATLAS. Une définition publiée par un réseau de recherche se rejoue donc sur votre base, et la vôtre peut partir vers un partenaire qui n’utilise pas Linkr.
Les cohortes voyagent avec le projet
Une cohorte fait partie de l’export : ses critères partent avec le projet, dans un fichier lisible et versionnable. Les résultats d’exécution, eux, restent locaux — ils dépendent de la base, pas de la définition.
Pour aller plus loin
- Concepts — repérer les concepts à mettre dans un critère.
- Données individuelles — vérifier sur pièces que la cohorte contient les bons patients.
- Schémas — ce que le mapping doit déclarer pour que les critères fonctionnent.
- Concevoir une étude — écrire des critères d’inclusion défendables.