En résumé
Un schéma apprend à Linkr à lire une base : quelle table contient les patients, laquelle les hospitalisations, où trouver une date de naissance. Il porte deux choses — le DDL, qui décrit les tables, et le mapping, qui leur donne un rôle. C’est lui qui transforme une base interrogeable en SQL en un entrepôt que Linkr comprend.
Le problème que résout un schéma
Deux hôpitaux stockent la même information sous des noms différents. Ici la table des patients s’appelle person et la date de naissance birth_datetime ; là c’est patients et dob. Un troisième a gardé son modèle maison.
Linkr ne devine pas. Sans indication, une base n’est qu’un ensemble de tables : on peut écrire du SQL dessus, rien de plus. Aucune page patient, aucune cohorte, aucune statistique démographique.
Le schéma est cette indication. Il dit : la table des patients, c’est person ; son identifiant, c’est person_id ; la date de naissance, c’est birth_datetime. À partir de là, toutes les fonctionnalités de l’entrepôt savent où regarder — et le même tableau de bord fonctionne sur OMOP à Rennes et sur un modèle maison ailleurs.
Les deux moitiés d’un schéma
Le DDL
La structure : les CREATE TABLE qui décrivent tables, colonnes et clés.
Il sert à deux choses : dessiner le diagramme, et fabriquer une base vide — c’est lui qu’exécute « Nouveau depuis un schéma ». Sans DDL, un schéma reste utilisable, mais il ne peut pas créer de base.
Le mapping
Les rôles : quelle table est celle des patients, des hospitalisations, des notes.
C’est la moitié dont dépendent les pages de Linkr. Un schéma sans mapping ne sert qu’à créer des tables vides ; c’est le mapping qui rend la base lisible.
Les deux sont indépendants. On peut avoir un DDL sans mapping — la structure est connue mais les rôles ne le sont pas — ou l’inverse, pour une base qui existe déjà et qu’on se contente de décrire.
Dans ce guide
Un schéma s’obtient, se lit, puis se mappe. La première page couvre les quatre façons d’en obtenir un et ce que montre sa page — l’aperçu, le DDL et son diagramme ; la seconde détaille le mapping, relation par relation, et ce qu’en font les bases qui le copient.
Obtenir et explorer un schéma
L’installer depuis le catalogue (OMOP, MIMIC), l’importer, le dupliquer ou le créer ; puis lire sa page : l’aperçu, le DDL, le diagramme et ses groupes de tables.
Mapper un schéma
Les relations et leur contrat, le formulaire, le SQL et son contrôle — et ce que deviennent les bases qui copient le mapping, avec leurs surcharges.
Pour aller plus loin
- Obtenir et explorer un schéma — le catalogue, l’import, le DDL et le diagramme.
- Mapper un schéma — les relations, le formulaire, le SQL et le contrat.
- Bases de données — rattacher un schéma à une base, et surcharger son mapping.
- Concepts — ce que les dictionnaires rendent possible.
- Alignement de concepts — faire correspondre vos codes locaux à une terminologie standard.
- Catalogue communautaire — d’où viennent OMOP et MIMIC.