En résumé
Un schéma s’installe le plus souvent depuis le catalogue — OMOP CDM, MIMIC —, s’importe en ZIP ou depuis un dépôt git, se duplique ou se crée vierge. Sa page montre un aperçu chiffré et le DDL, en diagramme ou en texte ; le mapping, lui, a sa propre page.
Obtenir un schéma
Quatre chemins, du plus simple au plus long.
Installer depuis le catalogue
Le cas le plus courant. OMOP CDM 5.3 et 5.4, MIMIC-III et MIMIC-IV sont publiés et s’installent en quelques secondes, DDL et mapping compris. Onglet Catalogue de la fenêtre d’import.
Importer un ZIP ou cloner un dépôt git
Pour reprendre le schéma d’un collègue ou d’un autre établissement. Le clonage git demande le mode serveur ; le ZIP fonctionne partout.
Dupliquer un schéma existant
Partir d’OMOP pour décrire votre variante locale. L’original reste intact.
Créer un schéma vierge
Pour un modèle maison qui ne ressemble à rien de publié. Seul le nom est obligatoire ; le DDL et le mapping se remplissent ensuite.
La page d’un schéma
Trois onglets, plus les habituels Readme, Licence et Versioning derrière le menu Plus.
Aperçu
Quatre compteurs — tables, clés étrangères, index, tables mappées — et le readme. Chaque compteur est cliquable et mène à l’onglet correspondant.
Les trois premiers compteurs lisent le texte du DDL
Ils sont obtenus en analysant le DDL, pas en l’exécutant. Un DDL qui déclare une clé primaire à l’intérieur du CREATE TABLE plutôt que par un ALTER TABLE ne sera pas compté, alors qu’il est parfaitement valide. Le compteur est un repère, pas un audit.
DDL
Deux vues, avec un sélecteur en haut à gauche. Cet onglet s’ouvre sur le diagramme.
- Diagramme — les tables en boîtes, les colonnes avec leurs rôles de clé, les relations en traits. On peut déplacer les tables pour arranger la lecture, et la disposition est conservée. Un bouton Filtrer masque les parties qui ne vous intéressent pas.
- Source — l’éditeur de texte, avec un sommaire à gauche qui liste tables, clés et index, et un champ de recherche. Cliquer une entrée fait défiler jusqu’à elle.
Cmd/Ctrl+Senregistre.
Les groupes rassemblent des tables liées sous un nom et une couleur — « Données cliniques », « Vocabulaires ». Ils rendent un modèle comme OMOP, qui compte des dizaines de tables, effectivement lisible. Ils déterminent aussi la disposition automatique du diagramme tant que vous n’en avez pas arrangé une à la main.
Écrivez une colonne par ligne
Le dessin du diagramme découpe le corps d’un CREATE TABLE ligne par ligne. Plusieurs colonnes sur une même ligne, et seule la première apparaîtra — dans le diagramme et dans les compteurs. Le DDL s’exécute correctement malgré tout : seule la représentation est tronquée.
Le DDL doit être écrit en SQL compatible DuckDB : il est réellement exécuté quand on crée une base vide à partir du schéma.
Mapping
C’est ici qu’on donne un rôle aux tables : quelle relation porte les patients, les hospitalisations, les notes, les dictionnaires, les événements et les médicaments. Sept sous-onglets, un formulaire ou du SQL par relation, et un contrôle qui vérifie ce que chaque relation renvoie — tout cela est détaillé dans Mapper un schéma.
Voir un schéma réel
La démo contient les schémas OMOP et MIMIC. OMOP CDM 5.4 est le plus parlant : des dizaines de tables, regroupées et colorées, avec un mapping complet.
Quelques limites à connaître
- Le nom du schéma est enregistré dans la langue de l’interface. Un schéma nommé en français s’affichera en français à un utilisateur anglophone. Rien n’est traduit automatiquement.
- L’identifiant est figé après la création. Le nom, lui, se change quand on veut.
Les limites propres au mapping sont listées dans Mapper un schéma.
Pour aller plus loin
- Schémas — ce qu’est un schéma, et pourquoi Linkr en a besoin.
- Mapper un schéma — les relations, le formulaire, le SQL et le contrat.
- Bases de données — rattacher un schéma à une base, ou créer une base vide depuis son DDL.
- Catalogue communautaire — d’où viennent OMOP et MIMIC.