En résumé
Linkr s’organise en deux niveaux imbriqués. L’espace de travail est un conteneur partagé — à l’échelle d’un service, d’un hôpital ou d’un réseau — qui regroupe des projets, des ressources communes (bases, schémas, wiki, plugins) et une configuration git. Le projet est l’unité de travail concrète : une étude, un suivi, un tableau de bord, avec ses données, ses cohortes, ses analyses et son code.
Deux niveaux d’organisation
Quand vous ouvrez Linkr, vous naviguez toujours dans une hiérarchie à deux niveaux : vous choisissez d’abord un espace de travail, puis un projet à l’intérieur. Au-dessus, une organisation (votre hôpital, votre université, votre consortium) sert de signature : elle identifie qui produit et publie le travail.
Le contexte
Organisation
L’institution qui produit le travail (hôpital, université, consortium). Une métadonnée d’attribution, pas un conteneur.
Le conteneur
Espace de travail
Regroupe des projets et des ressources partagées : bases, schémas, wiki, plugins, git.
L’unité de travail
Projet
Une étude, un suivi, un tableau de bord — avec ses données, cohortes, analyses et son code.
Un espace de travail contient plusieurs projets ; un projet appartient à un seul espace de travail.
Espace de travail
Projet — Étude sepsis
Projet — Pilotage réa
Projet — Cohorte BPCO
L’espace de travail
Un espace de travail est un conteneur partagé. On en crée un pour un périmètre collaboratif : le plus souvent l’équipe gérant un entrepôt de données de santé ou un réseau de recherche, mais aussi bien un service, un hôpital ou tout autre groupe de travail. Tous les membres d’un espace de travail voient et réutilisent les mêmes ressources.
Un espace de travail regroupe :
Des projets
Études, suivis, tableaux de bord. C’est le contenu principal.
Des connexions aux entrepôts et des schémas
Les connexions vers les entrepôts disponibles et la façon de les interpréter (presets OMOP, MIMIC, custom), partagées entre projets.
Des ressources transversales
Concept mapping, contrôle qualité, pipelines ETL, collections de scripts SQL, catalogue de données — mutualisés à l’échelle de l’espace de travail.
Un wiki et des plugins
La documentation d’équipe et les plugins d’analyse réutilisables, disponibles dans tous les projets de l’espace de travail.
Dans l’application, ces ressources se retrouvent dans la barre latérale de l’espace de travail, avec l’Entrepôt de données partagé comme groupe replié ou déplié :
Réanimation — CHU
Jeux de règles de qualité
Créez et gérez des jeux de règles de qualité pour vos bases de données.
OMOP CDM 5.4 — contrôles de base
94%Complétude, plausibilité et conformité des tables OMOP.
MIMIC-IV démo (OMOP)
Paramètres vitaux
81%Bornes physiologiques des signes vitaux en réanimation.
MIMIC-IV démo (OMOP)
Import du service
67%Contrôles de l'extraction mensuelle.
Réa Rennes — extraction
En mode client-only (navigateur seul), vous créez et basculez entre autant d’espaces de travail que nécessaire. Ce qui relève du mode serveur, c’est d’y associer des personnes : les comptes, les rôles et les droits d’accès supposent un backend (voir Modes de déploiement).
Un usage typique
Un hôpital garde un espace de travail privé (recherches en cours, tableaux de bord internes, connecté à un GitLab privé) et un espace de travail public (études publiées, méthodes partagées, connecté à un dépôt public).
Le projet
Le projet est l’unité de travail. C’est là que vous passez le plus clair de votre temps : explorer des données, construire une cohorte, produire un dataset, composer un tableau de bord, écrire du code. Un projet appartient à un seul espace de travail.
Un projet réunit tout ce qui concourt à une étude ou à un suivi :
- L’entrepôt du projet — les bases liées, les concepts, les cohortes et les données individuelles, en lecture seule.
- Le pipeline — les transformations qui préparent les données pour l’analyse (en construction).
- Le laboratoire — les jeux de données analytiques et leurs analyses, les tableaux de bord, les rapports (en construction).
- L’IDE — un environnement Python / R / SQL intégré pour le code sur-mesure. Il a sa propre entrée, hors de l’entrepôt et du laboratoire.
- Le versioning — l’export et le partage du projet.
La qualité des données, l’alignement de concepts ou les pipelines ETL n’apparaissent pas ici : ils se règlent une fois pour toutes dans l’entrepôt de l’espace de travail, pour servir à tous ses projets.
Réanimation — CHU
Cohortes
Les cohortes définissent des populations de patients à partir de critères d'inclusion pour vos analyses.
Sepsis-3, adultes
Séjour en unitéInfection suspectée et SOFA ≥ 2, premier séjour.
Choc septique
Séjour en unitéVasopresseurs et lactates > 2 mmol/L.
Ventilation invasive > 48 h
HospitalisationAdultes ventilés plus de deux jours.
Comment s'articulent entrepôt, pipeline et laboratoire
Ces trois espaces forment le cœur d’un projet et suivent le chemin des données, de la donnée brute au résultat. C’est le sujet de la page suivante : Le pipeline de données.
Un projet = une vue IDE = une archive = un dépôt git
Un principe structurant de Linkr : le contenu d’un projet est le même objet quel que soit l’angle sous lequel on le regarde. Ce que vous voyez dans l’IDE, ce que vous obtenez en export ZIP et ce qui est versionné dans un dépôt git sont une seule et même arborescence de fichiers — des fichiers JSON de configuration, vos scripts, vos données.
Cette équivalence a une conséquence pratique : sauvegarder, partager et versionner un projet reviennent au même geste — manipuler cette arborescence. C’est ce qui rend l’export ZIP et le versioning git naturels dans Linkr. Voir Versioning et collaboration.
Pour aller plus loin
- Le pipeline de données — comment les données circulent dans un projet, de l’entrepôt au tableau de bord.
- Versioning et collaboration — partager et versionner projets et espaces de travail.
- Votre premier projet — un parcours guidé de bout en bout.