En résumé
Linkr s’organise en deux niveaux imbriqués. L’espace de travail est un conteneur partagé — à l’échelle d’un service, d’un hôpital ou d’un réseau — qui regroupe des projets, des ressources communes (bases, schémas, wiki, plugins) et une configuration git. Le projet est l’unité de travail concrète : une étude, un suivi, un tableau de bord, avec ses données, ses cohortes, ses analyses et son code.
Deux niveaux d’organisation
Quand vous ouvrez Linkr, vous naviguez toujours dans une hiérarchie à deux niveaux : vous choisissez d’abord un espace de travail, puis un projet à l’intérieur. Au-dessus, une organisation (votre hôpital, votre université, votre consortium) sert de signature : elle identifie qui produit et publie le travail.
Le contexte
Organisation
L’institution qui produit le travail (hôpital, université, consortium). Une métadonnée d’attribution, pas un conteneur.
Le conteneur
Espace de travail
Regroupe des projets et des ressources partagées : bases, schémas, wiki, plugins, git.
L’unité de travail
Projet
Une étude, un suivi, un tableau de bord — avec ses données, cohortes, analyses et son code.
Un espace de travail contient plusieurs projets ; un projet appartient à un seul espace de travail.
Espace de travail
Projet — Étude sepsis
Projet — Pilotage réa
Projet — Cohorte BPCO
L’espace de travail
Un espace de travail est un conteneur partagé. On en crée un pour un périmètre collaboratif : le plus souvent l’équipe gérant un entrepôt de données de santé ou un réseau de recherche, mais aussi bien un service, un hôpital ou tout autre groupe de travail. Tous les membres d’un espace de travail voient et réutilisent les mêmes ressources.
Un espace de travail regroupe :
Des projets
Études, suivis, tableaux de bord. C’est le contenu principal.
Des connexions aux entrepôts et des schémas
Les connexions vers les entrepôts disponibles et la façon de les interpréter (presets OMOP, MIMIC, custom), partagées entre projets.
Des ressources transversales
Concept mapping, contrôle qualité, pipelines ETL, collections de scripts SQL, catalogue de données — mutualisés à l’échelle de l’espace de travail.
Un wiki et des plugins
La documentation d’équipe et les plugins d’analyse réutilisables, disponibles dans tous les projets de l’espace de travail.
En mode client-only (navigateur seul), vous travaillez dans un espace de travail implicite unique. La possibilité de créer et de basculer entre plusieurs espaces de travail, avec des membres et des droits distincts, relève du mode full-stack, en cours de développement (voir Modes de déploiement).
Un usage typique
Un hôpital garde un espace de travail privé (recherches en cours, tableaux de bord internes, connecté à un GitLab privé) et un espace de travail public (études publiées, méthodes partagées, connecté à un dépôt public).
Le projet
Le projet est l’unité de travail. C’est là que vous passez le plus clair de votre temps : explorer des données, construire une cohorte, produire un dataset, composer un tableau de bord, écrire du code. Un projet appartient à un seul espace de travail.
Un projet réunit tout ce qui concourt à une étude ou à un suivi :
- L’entrepôt du projet — les bases actives, les concepts, les cohortes, le contrôle qualité.
- Le pipeline — les transformations qui préparent les données pour l’analyse.
- Le laboratoire — les datasets analytiques, les analyses et les tableaux de bord.
- L’IDE — un environnement Python / R / SQL intégré pour le code sur-mesure.
- Le versioning — l’export et le partage du projet.
Comment s'articulent entrepôt, pipeline et laboratoire
Ces trois espaces forment le cœur d’un projet et suivent le chemin des données, de la donnée brute au résultat. C’est le sujet de la page suivante : Le pipeline de données.
Un projet = une vue IDE = une archive = un dépôt git
Un principe structurant de Linkr : le contenu d’un projet est le même objet quel que soit l’angle sous lequel on le regarde. Ce que vous voyez dans l’IDE, ce que vous obtenez en export ZIP et ce qui serait versionné dans un dépôt git sont une seule et même arborescence de fichiers — des fichiers JSON de configuration, vos scripts, vos données.
Cette équivalence a une conséquence pratique : sauvegarder, partager et versionner un projet reviennent au même geste — manipuler cette arborescence. C’est ce qui rend l’export ZIP et le versioning git naturels dans Linkr. Voir Versioning et collaboration.
Pour aller plus loin
- Le pipeline de données — comment les données circulent dans un projet, de l’entrepôt au tableau de bord.
- Versioning et collaboration — partager et versionner projets et espaces de travail.
- Votre premier projet — un parcours guidé de bout en bout.