En résumé
Le catalogue est l’étagère commune de Linkr : des projets, des schémas, des alignements de concepts et des règles de qualité publiés par des équipes de recherche. C’est un annuaire de dépôts git — chaque fiche pointe vers un dépôt, et installer une entrée revient à le cloner. Le parcourir fonctionne partout, y compris dans le navigateur ; l’installer demande le mode serveur.
Le badge porte sur l’installation, qui demande un serveur. Parcourir le catalogue fonctionne dans les deux modes.
À quoi il sert
Beaucoup de travail en informatique de santé se refait à l’identique d’un établissement à l’autre : décrire le schéma d’une base MIMIC, aligner des codes locaux sur un vocabulaire standard, écrire les contrôles qualité d’un entrepôt OMOP. C’est long, et c’est le même travail partout.
Le catalogue répond à cela. Une équipe publie son schéma, son jeu de règles ou son projet complet dans un dépôt git, déclare ce dépôt au catalogue, et les autres l’installent en un clic pour partir de là.
Deux catalogues, à ne pas confondre
Le catalogue communautaire, décrit ici, indexe des entités Linkr à installer. Le catalogue de données documente les variables d’un entrepôt : ce que signifie chaque champ, d’où il vient. Noms voisins, fonctions sans rapport.
Y accéder
Le catalogue est une entrée de premier niveau de la barre latérale, Catalogue, à côté d’Accueil et d’Espaces de travail. Il ne dépend d’aucun espace de travail : c’est une ressource de l’installation entière.
À la première visite, il ne se charge pas tout seul. Un écran Catalogue non chargé vous invite à cliquer sur Charger le catalogue, en précisant quel serveur sera contacté.
Pourquoi ce clic explicite
Charger le catalogue contacte un serveur extérieur à votre établissement. Dans un contexte hospitalier, une requête sortante ne doit jamais partir sans que vous l’ayez décidée — d’où le bouton, plutôt qu’un chargement automatique.
Une fois chargé, le catalogue est mis en cache : il reste consultable entre deux sessions, avec sa date de mise à jour. Le bouton Actualiser vérifie s’il a changé, et un bandeau Mises à jour disponibles résume ce qui est nouveau, modifié ou retiré.
Linkr peut lire plusieurs catalogues. Le menu en haut à droite de la page choisit celui que vous parcourez — le Catalogue communautaire par défaut, un catalogue d’établissement si vous en avez ajouté un. Chacun garde son propre cache ; l’icône d’engrenage à côté ouvre leur configuration (voir Utiliser un catalogue interne).
Catalogue
Parcourez et installez des projets, outils et alignements partagés par des équipes de recherche.
Envie de partager votre travail ? Ouvrez une merge request sur interhop/linkr/linkr-catalog
Catalogue non chargé
Chargez le catalogue communautaire pour parcourir les contenus publiés par les équipes de recherche. Cela contacte framagit.org.
Ce qu’on y trouve
Neuf types d’entités peuvent être publiés. Les plugins n’en font pas partie : le catalogue ne les liste pas encore.
Espace de travail
Un ensemble complet, avec ses projets et ses ressources. C’est ainsi qu’arrivent les données de démonstration.
Projet
Une étude entière : cohortes, tableaux de bord, scripts.
Alignement de concepts
Un travail de correspondance entre des codes locaux et un vocabulaire standard.
Collection de scripts
Des requêtes SQL réutilisables, organisées en dossiers.
Pipeline ETL
Une transformation d’un modèle source vers un modèle cible, OMOP par exemple.
Catalogue de données
La documentation des variables d’un entrepôt.
Règles de qualité
Un jeu de contrôles à passer sur des données.
Préréglage de schéma
La description d’une source : ses tables, ses colonnes, comment les lire.
Base de données
Une base publique et ses données — MIMIC-IV de démonstration, par exemple.
Lire une fiche
Chaque carte commence par un badge coloré qui nomme son type, puis affiche son nom, sa version, sa description et ses étiquettes ; en pied, l’auteur — survolez-le pour voir l’organisation et les dates —, la licence et le bouton d’installation. Le menu ⋯ propose Ouvrir le dépôt, pour inspecter le contenu avant d’installer, et Ouvrir dans LinkR une fois l’entrée installée. Cliquer la carte fait l’un ou l’autre selon qu’elle est installée ou non.
100 patients de démonstration au format OMOP
Trois états signalent une entrée à considérer avec prudence : En cours pour un travail non terminé, Obsolète pour une entrée remplacée, Inaccessible quand son dépôt ne répond plus.
Un badge rouge Nécessite Linkr 2.4.3 (par exemple) signale une entrée publiée pour une version plus récente de Linkr que la vôtre. Son bouton Installer est grisé, et son infobulle explique pourquoi : le format de ce type d’entité a changé dans cette version, et une version antérieure ne l’installerait qu’en partie, sans le signaler — un schéma sans ses tables, par exemple. Mettez Linkr à jour pour l’installer.
La même règle vaut à l'import
Chaque export récent indique la version minimale de Linkr capable de le lire. Un ZIP ou un dépôt git importé dans une version trop ancienne est refusé avant toute écriture, avec le même message : « Ce contenu nécessite Linkr 2.4.3 ou plus récent, et cette instance est en 2.4.2… ». Rien n’est à moitié importé.
La taille est annoncée quand elle compte
La plupart des entités pèsent quelques kilooctets de JSON. Une base de données emporte ses fichiers de données — la démonstration MIMIC-IV fait 18 Mo — et la fiche l’affiche alors, pour éviter la surprise sur une connexion lente.
Chercher
Une barre de recherche et quatre filtres : Type, Étiquettes, Auteur et Organisation. Le tri est celui des autres listes de Linkr, et votre choix est retenu.
Le filtre Organisation rend un service particulier : il répond à « qu’a publié tel CHU ? », ce qui est souvent la vraie question quand on cherche du contenu de confiance.
Installer une entrée
L’espace de travail d’arrivée se choisit avant, dans le sélecteur à droite de la barre de recherche. Il est prérempli avec le dernier espace ouvert, ou le seul qui existe ; c’est aussi lui qui décide quelles cartes s’affichent Installé. Une entrée de type espace de travail n’en a pas besoin : elle crée son propre espace.
Le bouton Installer clone alors le dépôt tout de suite, sans fenêtre intermédiaire ; il affiche Installation… le temps que ça dure. Une fenêtre ne s’ouvre que si l’élément existe déjà, ou si l’installation échoue.
Si vous l’avez déjà, la carte le dit — Installé — et passe à Mettre à jour lorsqu’une version plus récente paraît au catalogue ; son infobulle rappelle la version installée. Cliquer l’un ou l’autre ouvre une fenêtre qui compare la version Installée et celle du Catalogue avant de réinstaller.
Réinstaller remplace ou duplique
Sur une entrée déjà présente, l’application prévient : « Déjà installé dans ce workspace. Réinstaller le remplacera ou le dupliquera. » Comme pour un import, c’est vous qui tranchez — voir Import et export.
Une entité installée reste liée à son dépôt d’origine. Pour les types qui savent récupérer — pipelines ETL, schémas, bases, alignements —, ses corrections se tirent ensuite depuis son panneau Dépôt Git, sans la réinstaller ; pour les autres, Mettre à jour la réinstalle. Voir Versioning git.
Installer un espace de travail : « Installé, mais du contenu est manquant »
Un espace de travail publié est fait de renvois vers les dépôts de chacun de ses éléments. Ils sont récupérés un par un, et certains peuvent échouer — le cas courant étant un dépôt privé, auquel l’installation ne présente aucun identifiant.
Le message vous dit alors précisément lesquels sont restés vides. L’espace de travail est bien installé ; il lui manque le contenu de ces éléments, que vous pouvez récupérer ensuite en fournissant un jeton d’accès.
Installer nécessite le mode serveur
L’installation clone un dépôt git, ce que le navigateur seul ne sait pas faire. En mode navigateur, le catalogue reste consultable — vous voyez les fiches et pouvez ouvrir les dépôts — mais le bouton d’installation est indisponible.
Pour retrouver malgré tout du contenu publié dans une installation navigateur, téléchargez une archive depuis le dépôt et importez-la en ZIP.
Depuis la fenêtre d’import
Le catalogue apparaît aussi comme troisième onglet de la fenêtre Importer, Depuis le catalogue, filtré sur le type que vous êtes en train d’importer. Pratique quand vous savez déjà ce que vous cherchez : un schéma, depuis la page des schémas.
Utiliser un catalogue interne
Le catalogue par défaut est public et ouvert. Un établissement peut préférer le sien — pour du contenu qui ne doit pas sortir, ou pour un catalogue validé en interne.
Les catalogues se gèrent depuis la page Catalogue elle-même : l’icône d’engrenage à côté du menu des catalogues ouvre la fenêtre Catalogues. On y trouve :
- Ajouter un catalogue — un Nom — saisi dans la langue de l’interface, comme tous les noms multilingues de Linkr : passez l’application dans l’autre langue pour le traduire ; sans traduction, c’est ce nom qui s’affiche —, l’URL du dépôt du catalogue et sa Branche. Le catalogue ajouté devient celui qui s’affiche.
- le crayon d’une ligne, pour la renommer ou la pointer vers un autre dépôt ;
- la corbeille, pour la retirer — y compris le catalogue communautaire. Ce que vous en avez installé reste en place. Un bouton Rétablir le catalogue communautaire le fait revenir.
Catalogues
Les dépôts Git que vous pouvez parcourir depuis cette page. Toute instance GitLab convient, par exemple le catalogue interne d'un hôpital.
Catalogue communautaire
https://framagit.org/interhop/linkr/linkr-catalog
Catalogue interne — CHU
https://gitlab.chu.example/entrepot/linkr-catalog
Cette liste est propre à votre navigateur, comme le cache des catalogues : chaque utilisateur compose la sienne.
Ce qu'attend cette adresse
Une URL https vers un dépôt GitLab — l’instance publique, une forge associative, ou votre GitLab d’établissement. Le format du dépôt d’index est celui du catalogue public, qu’on peut donc prendre pour modèle. Deux catalogues ne peuvent pas lire le même dépôt.
Quand ça ne marche pas
Les messages distinguent les causes, ce qui évite de chercher au mauvais endroit.
- Catalogue inaccessible — pas de réseau, ou une sortie bloquée par le pare-feu de l’établissement. C’est le cas le plus fréquent en milieu hospitalier.
- Aucun catalogue trouvé à cette adresse — l’URL configurée ne pointe pas sur un dépôt de catalogue.
- Aucun catalogue configuré — vous les avez tous retirés : ajoutez-en un, ou rétablissez le catalogue communautaire, depuis l’engrenage.
- Le fichier du catalogue est illisible — le dépôt répond, mais son contenu n’est pas exploitable.
- Ce catalogue nécessite une version plus récente de Linkr — mettez à jour l’application.
Pour aller plus loin
- Publier du contenu — y déposer votre propre travail.
- Import et export — les deux autres façons de faire circuler une entité.
- Schémas de bases — ce qu’on installe le plus souvent depuis le catalogue.
- Entités et partage — ce qui rend une entité installable.