En résumé
Une définition courte par terme, groupée par domaine, avec un renvoi vers la page qui le développe. Deux familles de vocabulaire se croisent ici : celui de Linkr — espace de travail, entité, cohorte — et celui des données de santé — OMOP, concept, format long.
Les notions, pas seulement les mots
Pour comprendre OMOP, les terminologies ou le format long, les articles de la rubrique Ressources vont plus loin que des définitions. Cette page sert à lever un doute en lisant, pas à apprendre un domaine.
S’organiser
Espace de travail — Le conteneur partagé par une équipe : ses projets, ses bases de données, ses ressources communes. C’est à ce niveau qu’on est membre et qu’on a un rôle. Voir Espaces de travail et projets.
Projet — Une étude, un suivi, une question : ses cohortes, ses analyses, ses tableaux de bord et son code. Il appartient à un espace de travail et hérite de ses droits.
Entité — Tout ce qui s’exporte, se versionne et se publie de la même façon : projet, espace de travail, schéma, pipeline ETL, alignement de concepts, collection SQL, règles de qualité, catalogue de données, plugin. Neuf types, une seule forme. Voir Entités et partage.
Identité de lignée — L’identifiant qui suit une entité d’une installation à l’autre. C’est lui qui permet de reconnaître une entité revenue modifiée au lieu d’en créer un doublon.
Rôle — Un ensemble de droits, décrits par ressource et action. Attribué sur un espace de travail, hérité par ses projets, redéfinissable projet par projet. Voir Authentification et permissions.
Les données
Entrepôt de données — La partie en lecture seule : les bases sources, telles qu’elles sont. On y interroge, on n’y écrit pas.
Laboratoire — La partie où vous produisez : jeux de données, code, tableaux de bord. C’est là que les résultats se fabriquent.
Base de données — Une source de données déclarée dans un espace de travail : un fichier, un dossier de fichiers, ou une connexion à un serveur. Voir Bases de données.
Schéma — La description d’une source : ses tables, ses colonnes, et comment Linkr doit les lire. Un préréglage de schéma est un schéma réutilisable, par exemple OMOP ou MIMIC. Voir Schémas.
Format long — Une ligne par mesure : un patient, une variable, une valeur, une date. C’est la forme des entrepôts, faite pour accueillir n’importe quelle variable sans changer de structure.
Format large — Une ligne par unité statistique — un patient, un séjour, un jour d’hospitalisation — et une colonne par variable. C’est la forme qu’attend une analyse.
Jeu de données — Une table au format large, produite par un script ou importée. Voir Jeux de données.
Pipeline ETL — La transformation qui remplit une base à partir d’une autre : c’est ainsi qu’un modèle maison devient du OMOP. Voir Pipelines ETL.
Concepts et terminologies
Concept — Une entrée du dictionnaire de la base : un code et son libellé. Selon la base, ce dictionnaire s’appelle concept, d_items, ou porte un nom maison. Voir Concepts.
Liste de concepts — Une sélection que vous composez, propre à un projet, et qui voyage avec lui.
Concept set — Un dictionnaire importé dans l’espace de travail, en lecture seule, que les projets consultent.
OMOP — Un modèle de données commun pour la recherche sur données de santé : mêmes tables et mêmes colonnes d’un établissement à l’autre, ce qui rend une analyse rejouable ailleurs.
Alignement de concepts — Le travail de correspondance entre vos codes locaux et un vocabulaire standard. Voir Alignement de concepts.
Sélectionner et analyser
Cohorte — Une population définie par des critères d’inclusion et d’exclusion, exprimés sans écrire de requête. Voir Cohortes.
Attrition — Le décompte des patients écartés à chaque critère. C’est ce qui rend une sélection lisible et publiable.
Unité statistique — Ce que représente une ligne d’un jeu de données : un patient, un séjour, un jour. Le choix se fait au moment de construire la table, et il commande toute l’analyse.
Tableau de bord — Une page d’onglets et de widgets construite sur un ou plusieurs jeux de données. Voir Tableaux de bord.
Widget — Un élément d’un tableau de bord : un indicateur, une figure, un tableau, une analyse, du code.
Plugin — Une analyse empaquetée, configurable et réutilisable, qui devient un widget. Voir Plugins.
Partager
Export — Une archive ZIP contenant l’arborescence de fichiers texte d’une entité. Lisible, comparable, réimportable. Voir Import et export.
Versioning — Le suivi des modifications dans un dépôt git : qui a changé quoi, quand, et la possibilité de revenir en arrière. Voir Versioning git.
Pointeur — Ce qu’un espace de travail conserve d’un élément lié à son propre dépôt : ses métadonnées et l’adresse du dépôt, pas son contenu.
Marquer pour le versioning — Le geste qui inclut explicitement un fichier de données dans un export ou un dépôt. Sans lui, les données restent chez vous.
Catalogue communautaire — L’annuaire des entités publiées, installables en un clic. À ne pas confondre avec le catalogue de données, qui documente les variables d’un entrepôt. Voir Catalogue communautaire.
Déployer
Mode serveur — Une installation avec un serveur : comptes, stockage partagé, exécution de code côté serveur, versioning git.
Mode navigateur — Tout tourne dans votre navigateur, sans rien installer. Les données ne quittent pas votre poste, mais il n’y a ni compte ni partage. Voir Modes de déploiement.
Dossier de données — Sur un serveur, l’unique dossier où tout est rangé. C’est ce qu’on sauvegarde. Voir Sauvegarde et restauration.
Clé secrète — La chaîne qui signe les connexions et chiffre les mots de passe enregistrés. Elle se sauvegarde à part, et se perd une seule fois.
Pour aller plus loin
- Concepts fondamentaux — les notions développées, plutôt que définies.
- Ressources — les articles sur OMOP, les terminologies et l’organisation des données.
- Raccourcis clavier — l’autre page de référence.