En résumé
Une fois les critères posés, Exécuter remplit le panneau de résultats : l’effectif, les lignes, l’attrition en barres ou en diagramme de flux, les patients et les tables filtrées. L’onglet SQL montre la requête — portable ou écrite sur les tables sources — et se modifie à la main. Rapport en tire une synthèse HTML, PDF ou Word, avec masquage des petits effectifs.
Exécuter
Exécuter lance la requête sur la base de la cohorte. Pendant le calcul, le bouton devient Arrêter : une requête trop large s’interrompt sans attendre.
L’en-tête du panneau de résultats donne alors l’effectif — le nombre de lignes au niveau choisi —, la durée du calcul et un bouton CSV qui télécharge les lignes affichées.
Les résultats affichés sont plafonnés à 10 000 lignes
L’effectif reste exact : seul l’affichage est limité, et un bandeau le signale. Pour exploiter une cohorte plus large, figez-la, ou reprenez son SQL dans une collection de scripts.
Quand l’exécution échoue, le panneau le dit et donne le message de la base. Le cas le plus fréquent — Aucune requête n’a pu être construite à partir de ces critères — désigne un critère Concept sans concept sélectionné, ou un mapping de base qui ne déclare pas la table du niveau choisi.
Les onglets de résultats
Le panneau de droite a jusqu’à six onglets.
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résultats
- Résultats — les lignes de la cohorte : l’identifiant au niveau choisi, l’âge à l’admission, les dates de début et de fin.
- Attrition — l’effectif après chaque critère, détaillé plus bas.
- Patients — la relecture des membres, dossier par dossier.
- Tables — chaque table de la base, filtrée sur la cohorte.
- Sortie SQL — les lignes brutes d’une requête écrite à la main.
- Schéma — l’explorateur de la base, non filtré, pour retrouver un nom de table ou de colonne en écrivant le SQL.
Patients, Tables et Sortie SQL
L’onglet Patients ouvre une board propre à la cohorte : les mêmes onglets et widgets que la page Données individuelles, avec la liste des patients de la dernière exécution — il n’est pas nécessaire d’alimenter la cohorte. À la première ouverture, la board est vide : Ajouter un widget la compose, et elle reste attachée à la cohorte.
L’onglet Tables liste chaque table de la base, filtrée sur l’identifiant le plus fin qu’elle contient — les séjours en unité de la cohorte, ses hospitalisations ou ses patients —, comme le ferait une dérivation. Cliquer une table la compte et montre ses premières lignes ; Tout compter les compte toutes. Une table sans identifiant, comme un référentiel d’unités, reste Non filtrée. C’est la façon la plus rapide de voir ce que la cohorte emporte avec elle : combien de mesures, combien de prescriptions.
L’onglet Sortie SQL montre ce que renvoie une requête écrite dans l’onglet SQL, qu’elle liste ou non les membres de la cohorte — SELECT * FROM measurement LIMIT 10 pour jeter un œil à une table. Quand une requête ne renvoie pas la colonne d’identifiant attendue, Linkr ouvre directement cet onglet plutôt que de n’afficher qu’une erreur.
Des onglets qui dépendent du schéma
Les onglets Patients et Tables supposent que le schéma de la base est mappé — une table patient pour le premier. Sans cela, ils n’apparaissent pas.
Lire l’attrition
L’onglet Attrition donne ce que réclame toute publication : combien de patients restent après chaque critère, appliqués dans l’ordre de l’arbre. Chaque critère du premier niveau est une étape ; un groupe compte pour une seule étape, sous son nom — d’où l’intérêt de nommer ses groupes.
Deux présentations, au choix en haut à droite :
Barres
Un entonnoir horizontal.
Une barre par étape, puis la liste des effectifs avec, entre parenthèses, ce que chaque étape a retiré. La lecture la plus rapide d’un critère trop sélectif.
Diagramme de flux
La disposition CONSORT.
Les étapes au centre, de Tous les enregistrements à la cohorte finale, avec leur part de l’effectif initial ; sur le côté, le nombre d’exclus à chaque étape. La forme attendue dans un article.
C’est la lecture la plus instructive de la page. Un critère qui fait tomber l’effectif de 4 000 à 40 est presque toujours un critère mal écrit — un concept absent de cette base, une unité de mesure inattendue — plutôt qu’une population réellement rare.
L'ordre change les étapes, jamais le résultat
Déplacer un critère change les effectifs intermédiaires et le nombre d’exclus à chaque étape, pas l’effectif final. Ordonnez les critères comme vous voulez les présenter : le plus souvent, les critères d’inclusion d’abord, les exclusions ensuite.
Le SQL de la cohorte
La bascule Critères / SQL de la barre d’outils montre la requête que vos critères engendrent. Elle sert d’abord à comprendre, et à vérifier. Elle se modifie aussi.
La requête doit renvoyer une colonne patient_id — une ligne par patient.
Écrit sur les tables sources de MIMIC-IV : ne s’exécute que sur les bases de ce schéma.
La ligne en tête rappelle le contrat de la requête : elle doit renvoyer une colonne patient_id — une ligne par patient (visit_id au niveau hospitalisation, visit_detail_id au niveau séjour en unité).
Portable ou sur les tables sources
Le menu de format propose deux écritures de la même requête :
Tables sources
Écrite sur les tables de cette base.
Le format par défaut, nommé d’après le schéma — MIMIC-IV (tables sources). Lisible par qui connaît la base, mais il ne s’exécute que sur les bases de ce schéma.
Linkr (portable)
Écrite sur les relations linkr_*.
linkr_patient, linkr_visit… sont les mêmes sur toute base dont le schéma est mappé : la requête se rejoue sur une autre base, dans un autre modèle.
Quand les critères ne peuvent pas s’écrire sur les tables de la base, seul le format portable est proposé.
Modifier, enregistrer, réinitialiser
Taper dans l’éditeur crée une modification non enregistrée, signalée par une pastille orange — dans la barre de l’éditeur et sur l’onglet SQL. Enregistrer (ou Cmd+S) la conserve ; Annuler revient au dernier texte enregistré. Une requête enregistrée porte le badge Modifié, et une pastille ambre sur l’onglet SQL le rappelle même quand vous êtes sur les critères. Réinitialiser revient au SQL engendré par les critères, Copier place la requête dans le presse-papiers.
Une requête enregistrée s’affiche telle qu’elle a été écrite : le format ne se change plus tant que vous ne l’avez pas réinitialisée.
Exécuter lance toujours ce que montre l’éditeur, enregistré ou non. Un résultat obtenu sur une modification non enregistrée porte le badge SQL non enregistré : l’enregistrer garde cette définition, l’annuler retire le résultat. Rapport et Alimenter, eux, lisent la définition enregistrée — ils restent grisés tant qu’une modification attend, et leur survol dit pourquoi.
Toucher aux critères écrase le SQL modifié
Les critères et une requête écrite à la main ne coexistent pas. Modifier un critère après avoir modifié le SQL ouvre Écraser le SQL personnalisé ? : confirmer régénère la requête depuis les critères, et vos modifications sont perdues.
Un SQL personnalisé réduit l'attrition à une étape
Linkr calcule l’attrition en déroulant les critères un à un. Avec une requête écrite à la main, il n’y a plus de critères à dérouler : l’attrition passe directement du total à la requête, et le rapport écrit « Sélection par la requête SQL personnalisée ». C’est le prix de la liberté du SQL, à mettre en balance avec le diagramme dont vous aurez besoin pour publier.
Le rapport de cohorte
Rapport produit une synthèse autonome de la cohorte, calculée à neuf sur la base : effectifs, flowchart d’inclusion, critères appliqués, concepts mobilisés et leur couverture, caractéristiques — âge à la date d’index, sexe, mois d’inclusion —, données disponibles par table d’événements, passages par unité de soins, méthodologie et source des données. L’aperçu de la fenêtre est le fichier exporté lui-même : ce que vous lisez est ce qui part.
Rapport de cohorte
Une synthèse autonome de la cohorte : effectifs, flowchart, critères, caractéristiques et méthodologie, calculés à neuf sur la base.
Rapport de cohorte
Sepsis de l'adulte — vivants à la sortie
Généré le 28/09/2026 à 10:42
412
Patients
468
Séjours
Patients par sexe
Distribution des âges (à la date d’index)
Méthodologie
Règle des petits effectifs : tout effectif compris entre 1 et 11 est remplacé par <11, et les pourcentages de ces effectifs ne sont pas donnés, afin qu’aucun petit groupe de patients ne puisse être isolé.
-- One row per patient: its patient_idSELECT DISTINCT linkr_patient.patient_idFROM linkr_patient…Trois réglages, dans la colonne de gauche :
- Format — HTML : un fichier unique qui s’ouvre dans n’importe quel navigateur ; PDF : passe par la fenêtre d’impression du navigateur, où l’on choisit « Enregistrer au format PDF » ; Word : un
.docxà retravailler. - Seuil des petits effectifs — tout effectif compris entre 1 et ce seuil s’affiche
<N, sans pourcentage ni barre, pour qu’aucun petit groupe de patients ne puisse être isolé. 11 est la valeur par défaut, la règle habituelle en santé. Un nouveau seuil relance la trentaine de requêtes du rapport : il s’applique avec Recalculer, ou Entrée. - Inclure la requête SQL dans la méthodologie — la requête exacte, pour qu’un relecteur puisse la rejouer.
Exporter télécharge le fichier dans le format choisi.
Ce qu'il faut pour un rapport
La base doit être connectée et son schéma mappé — sans mapping, le rapport ne sait pas retrouver les patients. Une modification SQL non enregistrée désactive le bouton : le rapport décrit la définition enregistrée.
Le seuil ne remplace pas les règles de diffusion
Masquer les petits effectifs rend un rapport partageable avec des collègues ; ce n’est pas une anonymisation au sens réglementaire. Avant toute diffusion hors de l’équipe, vérifiez les règles de votre établissement.
Pour aller plus loin
- Construire une cohorte — le niveau, les critères et leur combinaison.
- Cohortes — ce qu’est une cohorte, et ce qu’elle alimente.
- Données individuelles — relire les dossiers des membres, et configurer une board.
- Schémas — le mapping sur lequel repose le SQL portable.
- Sous-bases dérivées — tirer une nouvelle base des membres d’une cohorte.