En résumé
Un projet est l’unité de travail de Linkr : une question de recherche, les données qu’elle mobilise, et tout ce qu’on en produit. Sa navigation se lit en deux temps — l’entrepôt de données, où l’on explore ce qui existe, et le laboratoire, où l’on fabrique. La page Résumé en donne l’état en un coup d’œil.
Ce qu’un projet rassemble
Un projet répond à une question : quels patients de réanimation ont développé un sepsis en 2023, et que prédit leur devenir ? Autour de cette question, il réunit les bases de données interrogées, les cohortes définies, les jeux de données extraits, le code d’analyse et les tableaux de bord.
L’intérêt de ce regroupement est qu’il se transporte. Un projet s’exporte, se versionne dans un dépôt git et se publie — avec son readme, sa licence et ses auteurs. Ce qui circule entre équipes n’est pas un fichier isolé mais la démarche entière.
Un projet ne possède pas ses bases de données
Les bases appartiennent à l’espace de travail ; un projet s’y lie. Plusieurs projets peuvent donc travailler sur la même base sans la dupliquer, et sans risquer de la modifier l’un pour l’autre. Voir Bases de données.
Entrepôt et laboratoire
C’est la distinction structurante de Linkr, et elle se lit directement dans la barre latérale : deux groupes, deux couleurs, deux logiques. L’IDE, lui, n’appartient à aucun des deux : il a sa propre entrée, en haut de la barre.
Entrepôt de données
On explore ce qui existe, en lecture seule.
Bases de données, concepts, cohortes, données individuelles. Les données sources ne sont jamais modifiées : on regarde, on compte, on délimite une population.
Laboratoire
On fabrique à partir de ce qu’on a exploré.
Jeux de données, tableaux de bord, rapports. C’est le lieu des résultats : vos productions s’y écrivent, à côté de la source.
Cette séparation n’est pas cosmétique. Elle garantit qu’une analyse, si maladroite soit-elle, ne peut pas abîmer les données du service : tout ce que vous produisez vit à côté de la source, jamais dedans.
Le format des données change entre les deux
L’entrepôt stocke les données en format long — une ligne par mesure, la forme d’OMOP. Les analyses, elles, attendent en général un format large — une ligne par unité statistique (un patient, un séjour…), une colonne par variable. Le passage de l’un à l’autre est expliqué dans Organiser ses données.
La navigation d’un projet
Réanimation — CHU
Cohortes
Les cohortes définissent des populations de patients à partir de critères d'inclusion pour vos analyses.
Sepsis-3, adultes
Séjour en unitéInfection suspectée et SOFA ≥ 2, premier séjour.
Choc septique
Séjour en unitéVasopresseurs et lactates > 2 mmol/L.
Ventilation invasive > 48 h
HospitalisationAdultes ventilés plus de deux jours.
| Entrée | À quoi elle sert |
|---|---|
| Résumé | L’état du projet, son readme, sa licence et ses tâches. C’est la page d’accueil. |
| IDE | Écrire et exécuter du R ou du Python sur les jeux de données du projet. |
| Pipeline | Schématiser l’enchaînement des étapes du projet. En construction — voir Pipeline. |
| Entrepôt de données | |
| Bases de données | Les bases liées au projet, leurs statistiques et leur schéma. |
| Concepts | Ce que contient la base, concept par concept, avec les effectifs. |
| Cohortes | Délimiter une population de patients. |
| Données individuelles | Le dossier d’un patient, pour vérifier sur pièces. |
| Laboratoire | |
| Jeux de données | Les tables prêtes pour l’analyse. |
| Tableaux de bord | Visualiser et explorer un jeu de données. |
| Rapports | Rédiger un document à partir des résultats. En construction. |
| Versioning et export | Sauvegarder le projet dans un dépôt git, ou l’exporter en archive. |
| Paramètres | En bas de la barre : membres, droits, et suppression du projet. |
Les deux groupes sont ouverts par défaut. Quand la barre latérale est réduite en icônes, ils s’ouvrent en menu déroulant sur le côté plutôt qu’en dépliant.
La page Résumé
C’est la page d’accueil d’un projet. Son en-tête porte le nom, le statut (Actif, Terminé, Archivé, Brouillon), les badges et la description.
Elle a quatre onglets : Vue d’ensemble, Readme, Licence et Tâches.
Incidence et devenir des patients admis en réanimation pour un sepsis.
Sepsis en réanimation
Étude rétrospective sur les séjours de réanimation 2019-2023. Critères Sepsis-3 : infection suspectée et SOFA ≥ 2.
- Cohorte : adultes, premier séjour
- Critère principal : mortalité à 28 jours
Entrepôt de données
Laboratoire
Rapports bientôt disponibles.
Vue d’ensemble
Quatre compteurs cliquables — bases de données, cohortes, jeux de données, tableaux de bord — puis deux colonnes reprenant l’entrepôt (bases, cohortes) et le laboratoire (jeux de données, tableaux de bord, rapports), avec pour chaque liste les deux éléments modifiés le plus récemment et un lien Voir vers la liste complète.
Le compteur Jeux de données compte les jeux de données dessinés dans le pipeline, pas ceux de Laboratoire › Jeux de données : un écart entre les deux est normal tant que le pipeline est en construction.
En haut, un aperçu du readme et la liste À faire, dont les cases se cochent directement depuis cette page.
Readme, Licence et Tâches
Le readme se rédige en markdown, avec un aperçu et la possibilité d’y joindre des pièces jointes — une image insérée dans le texte, un protocole en PDF. C’est ce que lira en premier quiconque reçoit votre projet.
La licence détermine ce que les autres ont le droit de faire de votre travail. Le titulaire du copyright reprend l’organisation du projet, ou celle de l’espace de travail à défaut.
Les tâches sont une liste à cocher, réordonnable par glisser-déposer, doublée d’une zone de Notes libre. De quoi tenir le fil d’un projet qui s’étale sur des mois, sans sortir de Linkr.
Créer un projet
Le bouton Nouveau projet demande peu de choses : un nom, un identifiant, et une description facultative. L’onglet Métadonnées ajoute le statut, des badges et un numéro de version.
L'identifiant est définitif
Il sert de nom de dossier dans les exports et dans git : le changer casserait le lien avec l’historique déjà publié. Il se fabrique automatiquement à partir du nom — 2 à 50 caractères, minuscules, chiffres et tirets — et se verrouille dès la création. Le nom du projet, lui, reste modifiable à volonté.
Paramètres et droits
La page Paramètres gère les membres du projet et leurs rôles. Chaque grande fonction — cohortes, jeux de données, tableaux de bord, versioning — a son propre droit de lecture, d’écriture et de suppression, ce qui permet par exemple d’ouvrir la consultation des tableaux de bord sans donner la main sur les données.
Deux onglets n’apparaissent pas toujours : Dossiers, réservé au mode serveur, et Supprimer le projet, réservé aux propriétaires.
Pour aller plus loin
- Entités et partage — pourquoi tout, dans Linkr, s’exporte et se publie de la même façon.
- Cohortes — la première étape concrète dans la plupart des projets.
- Jeux de données — ce sur quoi travaillent les analyses et les tableaux de bord.
- Versioning et export — faire sortir le projet de votre machine.