En résumé
Un export d'eCRF — cahier d'observation électronique — s'importe tel quel : Linkr reconnaît le format de Goupile ou de REDCap, recolle les feuilles de formulaires et récupère les libellés du dictionnaire. Le plugin Question d'enquête analyse ensuite chaque question, avec son taux de réponse, ce qui est la première chose à vérifier sur un recueil.
Un eCRF est l'outil de recueil des études cliniques : un formulaire structuré, rempli centre par centre. L'export qui en sort est rarement un tableau propre — c'est là que le travail commence d'habitude.
Importer un export eCRF
L'import d'un fichier ouvre une boîte de dialogue qui détecte le format et propose le préréglage correspondant. Ici, Goupile (eCRF) — un eCRF libre développé en France — a été reconnu d'après le fichier.
Ce préréglage fait trois choses qu'il faudrait sinon coder : il joint toutes les
feuilles de formulaires sur l'identifiant de dossier en un seul tableau, il
libelle les colonnes depuis le dictionnaire du formulaire, et il traite les
jetons de valeurs manquantes (na, n/a,
null…) pour qu'une colonne numérique qui en contient reste numérique.
Le jeu de données obtenu compte 240 dossiers et 49 colonnes : centre investigateur, date de screening, éligibilité, bras d'allocation, et les réponses au questionnaire.
Analyser les réponses
Comme tout jeu de données, celui-ci reçoit des analyses. La bibliothèque de plugins est la même que pour les tableaux de bord — mais l'une d'elles est faite pour ce cas précis.
Le plugin Question d'enquête prend une question et en donne la lecture attendue sur un recueil : le taux de réponse, le nombre de valeurs manquantes, et la distribution des réponses — histogramme et médiane pour une question numérique, répartition par modalité pour une question à choix.
Sur la capture en haut de cette page, la question age affiche
81,3 % de réponses : 195 renseignées, 45 manquantes, pour une médiane de 52 ans.
C'est exactement ce qu'on veut savoir en premier d'un recueil — avant d'analyser les réponses,
savoir si elles sont là.
Du recueil au tableau de bord
Une analyse attachée au jeu de données répond à une question ponctuelle. Pour suivre un recueil pendant qu'il se déroule — inclusions par centre, complétude par formulaire — ces mêmes widgets se posent sur un tableau de bord, qui se recalcule à chaque nouvel export.
Pour aller plus loin
- Construire un tableau de bord — suivre un recueil en continu plutôt qu'à un instant donné.
- Le recueil manuel de données — pourquoi un eCRF plutôt qu'un tableur, et comment structurer son formulaire.
- La qualité des données — ce que le taux de réponse raconte, et les autres contrôles à faire.