Les bases de la programmation

Cet article s’adresse à celles et ceux qui n’ont jamais écrit une ligne de code. Si vous avez déjà quelques notions, vous pouvez passer directement à l’introduction au SQL. Sinon, prenez le temps de lire ce qui suit : les concepts présentés ici se retrouvent à l’identique en SQL, R et Python.

Qu’est-ce que « programmer » ?

Programmer, c’est donner des instructions à un ordinateur, dans un langage qu’il comprend, pour qu’il réalise une tâche à votre place. Une recette de cuisine en est une bonne image : une liste d’étapes, exécutées dans l’ordre, qui transforment des ingrédients en plat.

La différence avec un logiciel classique (comme un tableur) : au lieu de cliquer sur des boutons, vous écrivez les étapes. L’ordinateur les exécute exactement comme vous les avez écrites — ni plus, ni moins. C’est déroutant au début, mais c’est aussi ce qui rend le code reproductible : la même recette redonne toujours le même plat.

Le vocabulaire de base

Quatre notions reviennent dans tous les langages. Les exemples ci-dessous sont écrits en Python parce que sa syntaxe est proche du langage courant, mais l’idée est la même partout.

La variable

Une variable est une étiquette que l’on colle sur une valeur pour la réutiliser. On la crée en lui donnant un nom et une valeur.

age = 72            # on range 72 dans une variable nommée "age"
nom = "Dupont"      # une variable peut contenir du texte
age = age + 1       # on peut la modifier : age vaut maintenant 73

Le nom est libre (choisissez-le parlant : age, creatinine, nb_patients). Le signe = ne veut pas dire « égal » au sens mathématique, mais « range la valeur de droite dans la variable de gauche ».

La fonction

Une fonction est une action réutilisable, à laquelle on donne des valeurs (les arguments) et qui renvoie un résultat. Vous en utiliserez bien plus que vous n’en écrirez.

# "round" est une fonction fournie par le langage : elle arrondit un nombre
resultat = round(3.14159, 2)   # on lui donne 3.14159 et 2 (décimales)
print(resultat)                # affiche 3.14

Ici round(...) et print(...) sont des fonctions. On reconnaît une fonction à ses parenthèses, qui contiennent ce qu’on lui donne. print sert à afficher un résultat à l’écran.

La condition

Une condition exécute du code seulement si quelque chose est vrai. C’est le mot if (« si »).

temperature = 38.6

if temperature >= 38:
    print("Fièvre")
else:
    print("Pas de fièvre")

La boucle

Une boucle répète une action sur chaque élément d’une liste, sans avoir à réécrire le code. C’est le mot for (« pour chaque »).

ages = [72, 45, 34, 78]
for a in ages:          # pour chaque valeur de la liste...
    print(a)            # ...on l'affiche

Où écrit-on du code ?

Une question qui déroute souvent les débutants : concrètement, je tape ça où ? Deux endroits, complémentaires.

La console (ou terminal)

La console est une zone où l’on tape une instruction à la fois ; elle s’exécute dès qu’on appuie sur Entrée, et le résultat s’affiche juste en dessous. Idéale pour tester rapidement une idée ou explorer des données.

Le script

Un script est un fichier qui contient toute la suite d’instructions, sauvegardée. On l’écrit dans un éditeur, puis on l’exécute en entier (ou morceau par morceau). C’est ce qu’on garde, ce qu’on partage, ce qu’on relance à l’identique — le cœur de la reproductibilité.

Avec quels logiciels ?

On écrit rarement du code dans un simple bloc-notes. On utilise un environnement de développement, ou IDE (de l’anglais Integrated Development Environment) : un logiciel qui réunit dans une même fenêtre l’éditeur de scripts, la console, l’affichage des résultats et de l’aide. Selon le langage :

Comment installer et exécuter ?

Deux chemins, du plus simple au plus complet :

1. Sans rien installer. Des environnements en ligne exécutent le code dans votre navigateur, comme les tutoriels interactifs pour SQL. Parfait pour les premiers pas. La démo en ligne de Linkr en fait partie : depuis l’IDE d’un projet, vous écrivez et exécutez du R, du Python ou du SQL directement sur des données de santé d’exemple.
2. En installant sur votre ordinateur. On installe le langage (R, ou Python) puis son environnement (RStudio, VS Code). C’est indispensable dès qu’on travaille sur ses propres données. Les articles suivants indiquent les ressources pour chaque installation.

Pour exécuter du code, le geste est presque toujours le même : placer le curseur sur une ligne ou sélectionner un bloc, puis appuyer sur Ctrl + Entrée (ou ⌘ + Entrée sur Mac). Le résultat apparaît dans la console ou sous la cellule.

Et les données, dans tout ça ?

Programmer pour la data science, c’est surtout manipuler des tableaux de données. Il est donc utile de comprendre comment ces données sont organisées avant de les coder : lignes, colonnes, tables reliées entre elles, format long et format large. Nous détaillons tout cela dans l’article Comment sont organisées ces données — une lecture complémentaire idéale avant d’attaquer le SQL.

Une ressource pour s’initier en douceur

Si vous voulez un vrai premier cours pas à pas avant de continuer, celui-ci reprend les notions de cet article sans s’attacher à un langage particulier. Les articles suivants (SQL, R, Python) proposent d’autres ressources ciblées par langage.