Concepts cibles

Pourquoi cette étape ?

Dans l’éditeur d’alignements, deux modes permettent de trouver un concept cible :

1. Parcourir un concept set : rapide et ciblé, on choisit dans une liste déjà délimitée par thématique.
2. Recherche libre parmi tous les concepts OHDSI : très puissant, mais le choix est plus difficile à cause du nombre de concepts disponibles.

Le sous-onglet Concepts cibles alimente ces deux modes.

Concept Sets

Qu’est-ce qu’un concept set ?

Un concept set rassemble plusieurs concepts standard sous une même étiquette clinique. Par exemple : « Bilirubine totale », « Sepsis », ou « Noradrénaline ». En pratique, chacun pointe vers les concepts LOINC, SNOMED ou RxNorm correspondants — souvent nombreux et techniques.

Items et résolution

Un concept set est une liste d’items. Chaque item est un concept (avec un conceptId, un conceptName, un vocabularyId, un conceptCode, un domainId, un conceptClassId et un drapeau standardConcept) accompagné de trois options :

• isExcluded — l’item est exclu de la liste (utile pour exprimer « tous les concepts X sauf Y »).
• includeDescendants — inclut automatiquement les concepts plus spécifiques (descendants dans la hiérarchie des concepts).
• includeMapped — inclut les concepts qui pointent vers cet item via concept_relationship.

Le concept set peut donc être vu comme une équation : une poignée d’items de base, modulés par ces options. Résoudre le concept set, c’est appliquer ces options pour obtenir la liste finale de tous les concepts retenus — un seul item avec includeDescendants peut ainsi se développer en plusieurs centaines de concepts. C’est cette liste résolue qui est utilisée dans l’éditeur d’alignements pour proposer des cibles.

Pour aller plus loin

• INDICATE — What are concept sets? — une introduction pédagogique aux concept sets, dans le cadre du dictionnaire INDICATE.
• OHDSI — Concept Set Specification — la spécification formelle du format JSON utilisé par OHDSI (et Linkr).
• ATLAS — Concept Sets wiki — la documentation de référence pour créer et gérer des concept sets dans ATLAS.

Tout concept set suivant le format OHDSI peut être importé dans Linkr — qu’il vienne d’un dictionnaire thématique comme le INDICATE Data Dictionary ou qu’il soit créé à la main dans ATLAS (l’outil de référence d’OHDSI pour la création de concept sets).

Importer un concept set

Cliquez sur Importer un Concept Set. Trois sources possibles :

• Référence — import en masse depuis un dictionnaire référencé, par exemple le INDICATE Data Dictionary : tous les concept sets du dictionnaire sont importés d’un coup.
• URL — un lien direct vers le fichier JSON d’un seul concept set (typiquement un fichier raw.githubusercontent.com/.../concept_sets/X.json). Linkr conserve le lien : si la source évolue, vous pouvez mettre à jour le concept set en un clic.
• Fichier — un .json au format OHDSI ({ expression: { items: [...] } }).

Voir le détail d’un concept set

L’icône ⓘ en bout de ligne ouvre un panneau latéral avec quatre onglets :

• Description — la description longue rédigée par les auteurs du concept set. Quand le concept set vient d’un dictionnaire comme INDICATE, on y trouve typiquement la définition clinique, les choix de codes faits par les experts, et des conseils pour l’alignement de concepts.
• Statistiques — comptages d’enregistrements et de patients, graphiques de distribution.
• Concepts résolus — la liste des concepts retenus une fois le concept set résolu (voir plus haut).
• Expression — la liste brute des items du concept set, avec leur conceptName, conceptId, vocabulaire, domaine, et trois colonnes Ex / De / Ma (cochées si l’item est marqué isExcluded / includeDescendants / includeMapped).

Mettre à jour, supprimer

• Mettre à jour un concept set — l’icône de rafraîchissement sur une ligne re-télécharge le JSON depuis son URL d’origine.
• Tout mettre à jour — un bouton dédié rafraîchit en une fois tous les concept sets qui ont une sourceUrl.
• Supprimer des concept sets — passez en mode Édition pour faire apparaître des cases à cocher, sélectionnez les concept sets à supprimer, puis cliquez sur Supprimer la sélection.

Filtrer le tableau

Les concept sets sont classés par catégorie, sous-catégorie, provenance (organisation d’origine) et version. Chaque en-tête de colonne propose un filtre déroulant — pratique quand le catalogue dépasse plusieurs centaines d’entrées.

Vocabulaires OHDSI

Ce sous-onglet sert à charger l’ensemble des concepts standard OMOP, à partir d’une archive ATHENA.

Que faut-il télécharger ?

Sur ATHENA, sélectionnez les vocabulaires nécessaires (au minimum SNOMED, LOINC, RxNorm pour un usage standard) et lancez la génération de l’archive. Une fois prête, vous la téléchargez directement depuis le site sous forme de fichier ZIP qui contient les tables OHDSI :

• concept — obligatoire, le catalogue complet des concepts utilisé par la recherche dans l’éditeur d’alignements.
• Les autres tables livrées par ATHENA (concept_ancestor, concept_relationship, concept_synonym, concept_class, domain, relationship, vocabulary, drug_strength) ne sont pas utilisées par la fonctionnalité d’alignement de concepts. Vous pouvez les conserver dans le dossier — elles serviront plus tard pour générer un ETL OMOP — mais elles ne sont pas nécessaires ici.

Charger le dossier

Décompressez l’archive, puis dans Linkr cliquez sur Sélectionner un dossier et indiquez le répertoire ATHENA. Linkr reconnaît automatiquement les fichiers connus et les indexe dans DuckDB.

Parcourir les vocabulaires

Une fois la référence chargée, vous pouvez explorer les concepts standard depuis ce sous-onglet : recherche, filtres par vocabulaire, domaine ou classe, et bouton « Standard uniquement ». Surtout, l’éditeur d’alignements active son mode « Recherche » dans le panneau de droite — c’est là que la référence prend tout son intérêt.