Projets d'alignement

Liste des projets

Chaque projet apparaît dans la liste sous forme de carte regroupant les informations clés :

• Nom — libellé court du projet (ici Données de labo MIMIC-IV).
• Source — base de données connectée ou fichier importé (icône feuille de calcul + nom de fichier).
• Badges — étiquettes colorées libres pour regrouper les projets (par hôpital, par équipe, par étude…). Un projet peut en porter plusieurs.
• Statut — pastille colorée : En cours (bleu), En pause (ambre) ou Terminé (vert).
• Progression — barre indiquant concepts alignés / total, avec le nombre approuvé en vert au-dessus.

Créer un projet

Cliquez sur Nouveau projet d’alignement en haut de la liste. Une boîte de dialogue s’ouvre :

Vous y renseignez :

• Nom (obligatoire) et identifiant technique (slug utilisé dans l’URL et les exports, pré-rempli automatiquement à partir du nom).
• Description courte du périmètre.
• Statut initial — trois choix possibles, généralement En cours à la création :
  • En cours — travail actif. La majorité des projets sont dans cet état.
  • En pause — mis en attente (besoin de validation, de données, etc.).
  • Terminé — alignement bouclé et exporté. À conserver pour la traçabilité.
• Badges — étiquettes colorées libres pour regrouper les projets (par hôpital, par équipe, par étude…). Choisissez une couleur, tapez un libellé, validez. Plusieurs badges possibles. Si d’autres projets du workspace utilisent déjà des badges, ils sont proposés en suggestion pour réutilisation.
• Type de source — bouton à deux options :
  • Base de données source : sélectionnez une base déjà connectée à votre workspace (typiquement une table contenant les concepts à aligner).
  • Import de fichier : déposez un fichier .csv, .tsv, .txt, .xlsx, .xls ou .parquet. Une seconde page de paramètres apparaît automatiquement (voir ci-dessous).

Paramètres d’import (fichier uniquement)

Pour les sources fichier, une seconde page de la boîte de dialogue apparaît :

Deux blocs à renseigner (un troisième, l’Aperçu, est calculé automatiquement par Linkr et permet de vérifier que le parsing est correct) :

Options de parsing

Linkr propose des valeurs par défaut adaptées à la majorité des fichiers ; ajustez si nécessaire :

• Séparateur — détection automatique par défaut. Forçable en virgule, point-virgule, tabulation ou pipe.
• Encodage — UTF-8 par défaut. ISO-8859-1 ou Windows-1252 disponibles pour les fichiers Excel/Windows anciens.
• Lignes à sauter — utile si le fichier contient des en-têtes décoratifs avant la vraie première ligne.
• Ligne d’en-tête — Oui si la première ligne contient les noms de colonnes (cas standard).

Correspondance des colonnes

Pour chaque colonne de votre fichier, indiquez à quoi elle correspond :

• Vocabulaire — nom de la terminologie source, généralement locale (par ex. ICCA pour les codes du logiciel de réanimation ICCA, Labs pour le système de laboratoire…). Sert à filtrer ensuite par vocabulaire.
• Catégorie — regroupement présent dans le système source (par ex. famille de paramètres biologiques, type de prescription, spécialité…) qui aide à mieux identifier les concepts et à découper le travail.
• Code concept * — code source du concept, par ex. itemid dans MIMIC.
• Source concept ID — identifiant numérique correspondant au source_concept_id utilisé dans l’ETL OMOP (table source_to_concept_map). Renseignez-le si votre fichier en contient déjà un ; sinon Linkr peut en générer un automatiquement dans la plage OMOP custom (voir Vue d’ensemble).
• Nom du concept * — libellé du concept, par ex. label dans MIMIC.
• Nombre d’enregistrements / Nombre de patients — fréquences observées dans la base source. Très utile pour prioriser les concepts les plus fréquents.
• Info (JSON) — colonne contenant des métadonnées JSON (distributions, statistiques) qui s’afficheront dans le panneau de détail. La structure attendue est détaillée sur la page Éditeur d’alignements.
• Colonnes supplémentaires — toutes les autres colonnes que vous voulez conserver comme métadonnées libres.

* obligatoires.

Import / export ZIP

Deux actions, à deux emplacements différents :

• Importer — bouton au-dessus de la liste, pour charger un fichier ZIP Linkr (typiquement un projet exporté depuis une autre instance ou partagé par un collègue).
• Exporter — au niveau de chaque carte projet, via l’icône … en haut à droite.

Le format ZIP est détaillé dans la page Export — il contient le JSON du projet, tous les alignements, les fichiers SSSOM/STCM/Usagi pré-générés, et le fichier source d’origine. Il est ré-importable tel quel.