Datathon InterHop 2024 - Fractures de fémur
Avec ce sujet les participant⸱es ambitionnent d’implémenter un module de statistiques prêt à l’emploi au sein de l’outil opensource logiciel LinkR
Introduction
La fracture de l’extrémité supérieure du fémur est un pathologie fréquente (> 75 000 cas par an en France), touchant une population âgée. Elle est à l’origine d’une mortalité, d’une morbidité et d’une perte d’autonomie importantes entraînant un coût important. Son incidence est en augmentation du fait d’un vieillissement de la population. Tout ceci en fait un problème majeur de santé publique.
La prévalence des patients sous traitement anticoagulant est importante dans cette population gériatrique. On constate depuis 2012 et la mise sur le marché des « nouveaux » anticoagulants oraux, une forte augmentation des patients traités par ces médicaments qui remplacent les classiques AVK.
De nombreuses études ont maintenant prouvé l’importance d’une chirurgie précoce (< 48h) pour réduire la morbi-mortalité de ces fractures. Cependant la présence d’un traitement anticoagulant pourrait allonger les délais de prise en charge et augmenter la morbi-mortalité.
Afin d’uniformiser la prise en charge de ces patients et de réduire les délais de prise en charge un protocole de service a été mis en place au CH de Saint-Malo en janvier 2023.
L’objectif principal est l’évaluation de la mise en place de ce protocole. L’hypothèse formulée est que la mise en place d’un protocole permettrait d’opérer les patients plus rapidement (dans un délai inférieur à 48h).
Matériel et méthodes
Nous réalisons une étude de cohorte rétrospective, observationnelle, monocentrique.
Le critère de jugement principal est le délai de prise en charge au bloc opératoire après l’admission des patients.
Les critères de jugements secondaires sont :
- la mortalité à 30 jours
- la mortalité à un an
- les complications hémorragiques (transfusion, saignement peropératoire, variation du taux hémoglobine pré-opératoire)
Les patients seront séparés en 3 groupes :
| A | B | C |
|---|---|---|
| Patients traités par AOD opérés avant la mise en place du protocole (avant 01/2023) | Patients traité par AOD opérés après la mise en place du protocole (à partir de 01/2023) | Patients contrôles non anticoagulés opérés sur la même période |
Une première analyse statistique descriptive sera réalisée.
Les données quantitatives sont exprimées par une moyenne et un écart-type. Les données qualitatives sont exprimées en nombre et pourcentage.
Pour le critère de jugement principal nous comparerons le délai de prise en charge au bloc (exprimé en heures) entre les 3 groupes. Nous pourrons également comparer la proportion de patients opérés dans les 48 premières heures suivant leur admission. S’agissant d’une variable quantitative*nous utiliserons un t-test de Student ou un test de Kruskal-Wallis.
Pour les critères de jugement secondaires, les variables quantitatives seront comparées avec le même test et les variables qualitatives à l’aide d’un test du Chi-2.
Une analyse de survie selon Kaplan-Mayer sera réalisé pour la mortalité à 30 jours et à 1 an. Une comparaison des courbes de survie à l’aide d’un test du Log Rank sera ensuite réalisée.
Le jeu de données utilisé est un jeu de données fictif, qui sera transformé au format OMOP.
Le datathon vise à implémenter un module de statistiques au sein de l’outil open source LinkR (survie, tests paramétriques et non paramétriques).
Les résultats seront présentés sous forme de graphiques.
Ce module de statistique sera open source et pourra donc être réutilisé par l’ensemble des utilisateurs.trices de LinkR.
Le code source produit lors de ce datathon sera colligé sur le dépot de code de l’association InterHop. Il sera disponible à cette adresse.
Conclusion
Ce projet s’inscrit dans une démarche de science ouverte, où la production de code, les méthodes et les outils développés seront rendus accessibles à tous et toutes.
Avec ce sujet les participant.es ambitionnent de développer des outils et des méthodologies réutilisables par d’autres acteurs du système de santé.