Dans ce tutoriel, nous allons voir comment :
- Importer des données depuis le catalogue de contenus
- Installer un projet depuis le catalogue de contenus
- Lancer ce projet sur votre instance locale de LinkR
Introduction
A la fin de ce tutoriel, vous aurez un tableau de bord vous permettant de visualiser les données de 100 patients.
Vous devez avoir au préalable installé et lancé LinkR.
Importer des données
Nous allons importer des données depuis le catalogue de contenu.
Depuis la page d’accueil ou depuis le menu en haut de la page, rendez-vous sur la page “Catalogue de contenus”.
Trouvez Saint-Malo sur la carte et sélectionnez InterHop.
Vous verrez à droite l’écran la page d’accueil du contenu partagé d’InterHop : on voit que sont proposés des plugins et des sets de données notamment.
Pour accéder au détail de ce contenu partagé, cliquez sur le bouton “Afficher le contenu” en bas de la page.
Nous voulons télécharger les données du set “MIMIC-IV set de démo”.
Nous allons donc cliquez sur l’onglet “Sets de données”, en haut à droite de l’écran, puis cliquer sur le widget qui correspond à notre set de données.
Il ne reste plus qu’à cliquer sur “Installer”, et ça y est, le set de données (du moins son code) est installé !
Ce catalogue permet donc de partager des données ?
Non, aucune donnée n’est téléchargée lors de l’installation d’un set de données.
Les données de santé, qui sont des données sensibles, doivent être maniées dans un cadre réglementaire bien précis.
Ici, nous avons téléchargé le code qui permet d’accéder aux données, et non les données elles-mêmes.
Il se trouve que ce dans notre cas, ce sont des données anonymisées, et donc de fait non concernées par le RGPD. C’est pourquoi ce code peut, sans authentification quelconque, télécharger les données des 100 patients de la base test MIMIC-IV.
Vous pouvez lire cet article pour plus d’informations sur la base de données MIMIC.
Voyons à présent comment importer un projet.
Importer un projet
Nous allons procéder de la même façon pour importer un projet.
Cliquez sur l’onglet “Projets” en haut à droite de l’écran, cliquez sur le projet “Démo LinkR” puis installez le projet.
Lancer le projet
Afin de lancer notre projet, nous devons associer le projet et le set de données.
Pour cela, rendez-vous sur la page “Projets”, depuis la première icône en partant de la gauche en haut de l’écran ou depuis la page d’accueil (à laquelle on accède en cliquant sur l’icône de LinkR en haut à gauche de l’écran).
Cliquez ensuite sur le projet pour le lancer.
Cliquez sur l’onglet “Données” en haut à droite de l’écran.
Sélectionnez le set de donnée que nous avons précédemment installé : “MIMIC-IV set de démo”.
Cliquez sur l’icône “Play” pour charger les données.
Le code set de données, étant lancé pour la première fois, télécharge les fichiers CSV de la base de données, ceci peut prendre quelques minutes. Le chargement les fois suivantes sera plus rapide, étant donné que les fichiers seront stockés localement, ils ne devront pas être téléchargés de nouveau.
Vous pouvez maintenant accéder aux données :
- Soit depuis la page “Sommaire” du projet, avec les icônes “Données individuelles” ou “Données agrégéees”
- Soi depuis l’icône en haut de l’écran
Vous devriez voir ceci sur l’écran des données agrégées.
Conclusion
Nous avons vu dans ce tutoriel comment importer des données et importer un projet depuis le catalogue des contenus.
Comment créer un projet avec mes propres données ?
Pour importer vos données, suivez ce tutoriel.
Pour créer un projet à partir de zéro, suivez ce tutoriel.