Mise en place

Introduction

A la fin de ce tutoriel, vous aurez un tableau de bord vous permettant de visualiser les données de 100 patients.

Vous devez avoir au préalable installé et lancé LinkR.

Lancement du projet

Lors de l’installation de LinkR, ont été installés :

• Un projet (Démo LinkR), permettant de visualiser les dossiers de patients et d’obtenir un tableau de bord de données agrégées
• Un set de données (Démo MIMIC-IV), avec les données de 100 patients admis en réanimation

Pour lancer le projet, cliquez dessus directement depuis la page d’accueil (Projet Démo LinkR).

Deux choses se produisent alors :

• Les données des 100 patients sont chargées
• Les pages de données individuelles (dossier patient) et agrégéees (statistiques ou visualisations sur des groupes de patients) sont affichées comme configuré dans le projet

Vous arrivez sur la page d’accueil du projet :

Vous avez des informations :

• sur le projet (auteur, date de création…)
• sur les données que contient le projet : ici nous voyons que nous avons des données de 100 patients, correspondant à 852 séjours
• une description du projet quand elle est disponible

Pour accéder aux dossiers des patients, cliquez sur l’icône “Données individuelles”.

Vous verrez à gauche de l’écran des menus déroulants : Groupe de patients (ou subset), Patient et Séjour.

Sélectionnez le groupe “Tous les patients”, et n’importe quel patient.

Vous verrez alors les séjours du patient, ici on voit un passage aux urgences, suivi d’un séjour en réanimation et d’un transfert en service de médecine.

Notez en haut à droite de l’écran des onglets, qui permettent d’organiser le dossier médical.

Cliquez sur l’onglet “Haemodynamics” pour accéder aux données concernant l’hémodynamique du patient.

Nous avons ici trois widgets :

• Un widget qui affiche les données hémodynamiques sous forme de timeline
• Un widget qui affiche ces mêmes données sous forme de tableau
• Un widget qui affiche les traitements reçus par le patient

Vous pouvez cliquez sur une partie de la première figure pour zoomer sur une période. Ceci va mettre à jour les autres widgets, pour afficher les données sur la période sélectionnée dans le premier widget.

Si vous changez de patient, les données seront également mises à jour.

Notez en haut de la page, à côté du nom du projet chargé, trois icônes :

• La première (icône d’un personnage) permet d’afficher la page des données individuelles
• La deuxième (icône de plusieurs personnages), d’afficher la page des données agrégées
• La troisième (icône d’une liste) permet d’explorer les concepts utilisés dans le set de données

Cliquez sur la deuxième icône pour vous rendre sur la page des données agrégées, où nous allons voir un tableau de bord avec des informations sur les patients sélectionnés.

Dernière étape de ce petit tour d’horizon, cliquez sur la troisième icône, celle des concepts.

Dans le menu déroulant “Terminologie”, sélectionnez “Toutes les terminologies”.

Vous verrez alors tous les concepts disponibles dans le set de données choisi pour ce projet.

Si vous cliquez sur un concept, vous verrez ses détails, notamment sa distribution.

Création d’un onglet et d’un widget

Retournons sur la page des données individuelles (vous vous souvenez, avec l’icône du personnage en haut de l’écran).

Nous allons créer un onglet Respiratoire, dans lequel nous allons créer un widget pour afficher les paramètres vitaux relatifs à la ventilation du patient.

Cliquez sur l’icône “+ Onglet” en haut à gauche de l’écran.

Un menu “Ajouter un onglet” apparaît. Nommez-le “Respiratoire” et validez.

Une fois sur cet onglet, cliquez sur l’icône + Widget.

Nous aurons trois choses à faire :

• Chosiir un nom pour le widget
• Choisir un plugin pour choisir sous quel forme afficher les données (comme nous l’avons vu : timeline, tableau ou autre)
• Choisir les concepts à afficher

Lorqsue vous cliquez sur “Sélectionner un plugin”, vous aurez la liste des plugins disponibles.

Pour afficher la description d’un plugin, cliquez sur l’icône “Information”.

Vous aurez alors une description des fonctionnalités du plugin, ce qui vous permet de savoir si c’est le plugin dont vous avez besoin pour afficher les données comme vous le souhaitez.

Si ce plugin vous convient, fermez la description et cliquez sur le plugin.

Pour finir, choisissons les concepts à afficher en cliquant sur “Sélectionner des concepts”.

Pour l’exemple nous allons choisir la terminologie LOINC dans le menu déroulant.

Choisissez les concepts :

• Respiratory rate
• Oxygen saturation in Arterial blood by Pulse oxymetry

Cliquez sur “Valider” pour valider le choix des concepts puis sur “Ajouter” pour créer le widget.

Choisissez dans le menu déroulant les concepts à afficher, puis cliquez à gauche du widget sur “Afficher la figure”.

En cliquant sur “Editer la page” à gauche de l’écran, vous pourrez redimensionner le widget.

Conclusion