Créer un subset

Introduction

Au cours d’un projet, il est souvent nécessaire de travailler sur un sous-ensemble de la population de patients d’un set de données.

Il peut par exemple être intéressant de créer un subset “Patients inclus” ne contenant que les patients finalement inclus dans les analyses finales d’une étude.

De la même façon, on peut imaginer créer un subset de patients présentant un certain diagnostic, inclus sur une période ou encore exposé à tel ou tel traitement.

Tout ceci est possible grâce à la création de subsets.

Créer un subset

Pour créer un subset, rendez-vous sur la page des Subsets. Pour cela, il est nécessaire d’avoir chargé un projet. Cliquez ensuite sur l’icône “Subsets” à partir du menu en haut de la page, à droite du nom du projet chargé.

Vous arriverez sur la page des subsets du projet.

Un subset est un sous-ensemble d’un set de données, mais il dépend d’un projet. Si deux projets utilisent le même set de données, ils ne partageront pas les mêmes sets de données.

Un subset “Tous les patients” est créé par défaut à la création d’un projet.

Pour créer un subset, cliquez sur l’icône “+” à gauche de l’écran.

Choisissez un nom, puis cliquez sur “Ajouter”. Nous allons pour l’exemple un subset contenant les patients âgés de plus de 50 ans.

Cliquez sur le subset que vous venez de créer : vous arriverez sur la page du subset sélectionné.

A droite de l’écran, vous avez deux onglets :

• Sommaire : sont présentées les informations du subset, qu’il est possible modifier (notamment la description du subset)
• Code : cet onglet permet de modifier le code et de rajouter ou retirer des patients d’un subset, ce que nous allons voir dans les prochains paragraphes

Ajouter des patients à un subset

Pour ajouter des patients à un subset, nous utilisons la fonction add_patients_to_subset.

Cette fonction prend les arguments suivants :

• patients : un vecteur numérique contenant les ID des patients à ajouter
• subset_id : l’ID du subset auquel les patients seront ajoutés (remplacé par %subset_id% dans le code du subset, qui est remplacé par l’ID du subset sélectionné)
• output, r, m, i18n et ns : arguments nécessaires pour manipuler les données et afficher les messages d’erreurs

A la création d’un subset, le code permettant d’ajouter tous les patients au subset est créé.

Ce code sera exécuté si l’utilisateur appuie sur le bouton pour exécuter le code, ou si le subset est sélectionné depuis le projet (et s’il ne contient pas déjà des patients).

Nous allons modifier ce code pour ajouter les patients de plus de 50 ans.

Reprenons le code pour créer une colonne contenant l’âge des patients, depuis le tutoriel sur les requêtes OMOP usuelles.

d$visit_occurrence %>%
    dplyr::left_join(
        d$person %>% dplyr::select(person_id, birth_datetime),
        by = "person_id"
    ) %>%
    dplyr::collect() %>%
    dplyr::mutate(
        age = round(as.numeric(difftime(visit_start_datetime, birth_datetime, units = "days")) / 365.25, 1)
    )

L’éditeur de code du subset sélectionné permet de tester le code. Nous allons extraire les ID des patients ayant un âge supérieur à 50 ans. Nous mettons pour l’instant la fonction add_patients_to_subset en commentaire.

d$visit_occurrence %>%
    dplyr::left_join(
        d$person %>% dplyr::select(person_id, birth_datetime),
        by = "person_id"
    ) %>%
    dplyr::collect() %>%
    dplyr::mutate(
        age = round(as.numeric(difftime(visit_start_datetime, birth_datetime, units = "days")) / 365.25, 1)
    ) %>%
    dplyr::filter(age > 50) %>%
    dplyr::distinct(person_id) %>%
    dplyr::pull()

Notre code fonctionne, nous pouvons donc stocker ces ID dans une variable puis l’intégrer à la fonction add_patients_to_subset.

Un message nous indique que les patients ont bien été ajoutés au subset.

Retirer des patients d’un subset

Pour retirer des patients d’un subset, il faut utiliser la fonction remove_patients_from_subset, qui fonctionne comme add_patients_to_subset, avec les mêmes arguments, notamment patients et subset_id.

Nous pourrions par exemple, après avoir ajouté tous les patients dans le subset, retirer ceux ayant un âge inférieur ou égal à 50 ans.

Intégration dans les plugins

Il serait intéressant de créer un plugin de Données individuelles permettant d’exclure des patients avec un ou plusieurs critères d’exclusions, créés par l’utilisateur.

On pourrait imaginer que ce plugin retire les patients du subset “Patients inclus”, et les ajouteraient au subset “Patients exclus”.

Pour ce faire, il suffirait d’utiliser les fonctions add_patients_to_subset et remove_patients_from_subset.

Comment récupérer l’ID des subsets ? Grâce à la variable m$subsets.

Il n’y a plus qu’à créer le plugin !