Créer un groupe de patients

Introduction

Créer un groupe de patients

Pour créer un groupe de patients (ou subset), rendez-vous sur la page des Groupes de patients. Pour cela, il est nécessaire d’avoir chargé un projet. Cliquez ensuite sur l’icône “Groupes de patients” à partir du menu en haut de la page, à droite du nom du projet chargé.

Vous arriverez sur la page des groupes de patients du projet.

Un groupe de patients est un sous-ensemble d’un set de données, mais il dépend d’un projet. Si deux projets utilisent le même set de données, ils ne partageront pas les mêmes sets de données.

Un groupe “Tous les patients” est créé par défaut à la création d’un projet.

Pour créer un groupe de patients, cliquez sur l’icône “+” à gauche de l’écran.

Choisissez un nom, puis cliquez sur “Ajouter”. Nous allons pour l’exemple un groupe contenant les patients âgés de plus de 50 ans.

Cliquez sur le groupe que vous venez de créer : vous arriverez sur la page du groupe sélectionné.

A droite de l’écran, vous avez deux onglets :

• Sommaire : sont présentées les informations du groupe de patients, qu’il est possible modifier (notamment la description)
• Code : cet onglet permet de modifier le code et de rajouter ou retirer des patients d’un groupe, ce que nous allons voir dans les prochains paragraphes

Ajouter des patients à un groupe

Pour ajouter des patients à un subset, nous utilisons la fonction add_patients_to_subset.

Cette fonction prend ces deux arguments :

• patients : un vecteur numérique contenant les ID des patients à ajouter
• subset_id : l’ID du groupe auquel les patients seront ajoutés (par défaut l’ID du groupe sélectionné, modifier cet argument est utile dans les plugins notamment)

A la création d’un groupe de patients, le code permettant d’ajouter tous les patients au groupe est créé.

Ce code sera exécuté si l’utilisateur appuie sur le bouton pour exécuter le code, ou si le groupe est sélectionné depuis le projet (et s’il ne contient pas déjà des patients).

Nous allons modifier ce code pour ajouter les patients de plus de 50 ans.

Reprenons le code pour créer une colonne contenant l’âge des patients, depuis le tutoriel sur les requêtes OMOP usuelles.

d$visit_occurrence %>%
    dplyr::left_join(
        d$person %>% dplyr::select(person_id, birth_datetime),
        by = "person_id"
    ) %>%
    dplyr::collect() %>%
    dplyr::mutate(
        age = round(as.numeric(difftime(visit_start_datetime, birth_datetime, units = "days")) / 365.25, 1)
    )

L’éditeur de code du groupe sélectionné permet de tester le code. Nous allons extraire les ID des patients ayant un âge supérieur à 50 ans. Nous mettons pour l’instant la fonction add_patients_to_subset en commentaire.

d$visit_occurrence %>%
    dplyr::left_join(
        d$person %>% dplyr::select(person_id, birth_datetime),
        by = "person_id"
    ) %>%
    dplyr::collect() %>%
    dplyr::mutate(
        age = round(as.numeric(difftime(visit_start_datetime, birth_datetime, units = "days")) / 365.25, 1)
    ) %>%
    dplyr::filter(age > 50) %>%
    dplyr::distinct(person_id) %>%
    dplyr::pull()

Notre code fonctionne, nous pouvons donc stocker ces ID dans une variable puis l’intégrer à la fonction add_patients_to_subset.

patients <-
    d$visit_occurrence %>%
    dplyr::left_join(
        d$person %>% dplyr::select(person_id, birth_datetime),
        by = "person_id"
    ) %>%
    dplyr::collect() %>%
    dplyr::mutate(
        age = round(as.numeric(difftime(visit_start_datetime, birth_datetime, units = "days")) / 365.25, 1)
    ) %>%
    dplyr::filter(age > 50) %>%
    dplyr::distinct(person_id) %>%
    dplyr::pull()

add_patients_to_subset(patients = patients)

Un message nous indique que les patients ont bien été ajoutés au groupe.

A noter qu’ici nous avons ajouté des patients au groupe, mais il est également possible de filtrer :

• Sur le séjour hospitalier, en ajoutant la colonne visit_occurrence dans la variable patients
• Sur les séjours dans les services, en ajoutant la colonne visit_detail dans la variable patients

Retirer des patients d’un groupe

Pour retirer des patients d’un groupe, il faut utiliser la fonction remove_patients_from_subset, qui fonctionne comme add_patients_to_subset, avec les mêmes arguments : patients et subset_id.

Nous pourrions par exemple, après avoir ajouté tous les patients dans le groupe, retirer ceux ayant un âge inférieur ou égal à 50 ans.

Intégration dans les plugins

Il serait intéressant de créer un plugin de Données individuelles permettant d’exclure des patients avec un ou plusieurs critères d’exclusions, créés par l’utilisateur.

On pourrait imaginer que ce plugin retire les patients du groupe “Patients inclus”, et les ajouteraient au groupe “Patients exclus”.

Pour ce faire, il suffirait d’utiliser les fonctions add_patients_to_subset et remove_patients_from_subset depuis le plugin.

Comment récupérer l’ID des groupes de patients ? Grâce à la variable m$subsets.

Il n’y a plus qu’à créer le plugin !

Conclusion