Tutoriel OMOP

La table VISIT_OCCURRENCE enregistre chaque hospitalisation d’un patient. Une hospitalisation peut contenir plusieurs séjours hospitaliers (dans la table visit_detail).

Affichez les 5 premières hospitalisations de la table visit_occurrence.

Combien y a-t-il d’hospitalisations au total dans la base ?

Combien d’hospitalisations a effectué notre patient (person_id = 8789342) ?

Calculez la durée en jours de chaque hospitalisation de notre patient, triées par date de début. Affichez l’identifiant de l’hospitalisation, les dates de début et fin, et créez une colonne duree_hospit pour la durée calculée.

La table VISIT_DETAIL contient les détails granulaires d’une hospitalisation : passages aux urgences, transferts entre unités, séjours dans différentes unités hospitalières…

Affichez les 5 premières lignes de la table visit_detail pour découvrir sa structure.

Combien de séjours hospitaliers (lignes dans visit_detail) sont liés à l’hospitalisation visit_occurrence_id = 6687131 ?

Affichez tous les séjours de cette hospitalisation, triés par date de début. Sélectionnez visit_detail_id, visit_detail_start_date, visit_detail_end_date et care_site_id.

Calculez la durée de chaque séjour pour cette hospitalisation. Ajoutez une colonne duree_sejour (en jours) à la requête précédente.

En repartant de la requête précédente, récupérez le nom des unités (care_site_name) en joignant visit_detail avec la table care_site.

Affichez toutes les colonnes de la table death pour découvrir sa structure.

Combien de patients sont décédés dans cette base ?

Vérifiez si notre patient 8789342 est décédé en faisant une jointure LEFT JOIN entre person et death. Affichez le person_id et la death_date (qui sera NULL si le patient est vivant).

Affichez les 5 premières lignes de la table observation_period.

Calculez la durée de suivi en jours pour notre patient 8789342. Affichez le person_id, les dates de début et fin, et créez une colonne duree_suivi.

Affichez les 5 premiers concepts de la table concept.

Recherchez le concept dont le concept_id est 8532.

Affichez le nom du genre (concept_name) pour notre patient 8789342. Joignez person et concept sur gender_concept_id.

Créez une vue complète des séjours de l’hospitalisation 6687131 en combinant visit_detail, person, concept, care_site et death.

Affichez :

• person_id
• visit_occurrence_id
• visit_detail_id
• visit_detail_start_datetime
• visit_detail_end_datetime
• care_site_name : le nom du service
• birth_datetime
• gender_concept_name : le nom du genre
• age : l'âge au moment du séjour
• death_datetime : la date de décès (si applicable)

La table MEASUREMENT stocke les mesures avec leur valeur numérique, leur unité et leurs bornes de référence.

Découvrez la structure de la table measurement en affichant les 5 premières lignes.

Combien de mesures ont été enregistrées pour notre patient 8789342 ?

Quels types de mesures sont les plus fréquents pour ce patient ? Affichez le nom de chaque type de mesure et son nombre d’occurrences.

Analysez l’évolution de la fréquence cardiaque (Heart rate, concept_id = 3027018) du patient. Affichez la date, la valeur et l’unité.

Calculez les statistiques de la fréquence cardiaque : valeur minimale, maximale et moyenne.

La table OBSERVATION contient des informations diverses : antécédents, habitudes, évaluations qualitatives.

Découvrez la structure de la table observation en affichant les 5 premières lignes.

Quels types d’observations sont enregistrés pour ce patient ? Affichez le nom et le nombre d’occurrences de chaque type.

Le patient a reçu différents modes d’oxygénation (concept_id = 4036936). Affichez la date et le mode d’administration stocké dans value_as_string.

Note : ce concept n’apparaît pas dans l’exercice précédent car il n’est pas disponible dans notre table concept réduite (licence SNOMED). Les données existent néanmoins dans observation.

La table PROCEDURE_OCCURRENCE enregistre tous les actes médicaux réalisés sur le patient.

Découvrez la structure de la table procedure_occurrence en affichant les 5 premières lignes.

Listez les procédures réalisées pour notre patient avec leur nom et leur nombre d’occurrences.

Affichez la chronologie des procédures du patient : date, nom de la procédure, triées par date. Utilisez DISTINCT pour éviter les doublons.

La table DEVICE_EXPOSURE contient les dispositifs médicaux utilisés pour le patient.

Découvrez la structure de la table device_exposure en affichant les 5 premières lignes.

Quels dispositifs ont été utilisés pour ce patient ? Affichez le nom du dispositif et le nombre d’utilisations.

Repartez de la requête de synthèse du niveau Facile (fournie ci-dessous) et enrichissez-la en ajoutant pour chaque séjour :

• hr_min : la fréquence cardiaque minimale (measurement_concept_id = 3027018)
• septic_shock : 1 si le patient a eu un choc septique durant le séjour (condition_concept_id = 10420211), 0 sinon

SELECT
    vd.person_id,
    vd.visit_occurrence_id,
    vd.visit_detail_id,
    vd.visit_detail_start_datetime,
    vd.visit_detail_end_datetime,
    cs.care_site_name,
    p.birth_datetime,
    c.concept_name AS gender_concept_name,
    DATE_PART('year', vd.visit_detail_start_datetime::TIMESTAMP) - p.year_of_birth AS age,
    d.death_datetime
FROM visit_detail vd
LEFT JOIN person p ON vd.person_id = p.person_id
LEFT JOIN concept c ON p.gender_concept_id = c.concept_id
LEFT JOIN care_site cs ON vd.care_site_id = cs.care_site_id
LEFT JOIN death d ON vd.person_id = d.person_id
WHERE vd.visit_occurrence_id = 6687131
ORDER BY vd.visit_detail_start_datetime;