MIMIC
La base de données MIMIC, pour Medical Information Mart for Intensive Care, est une base de données nord-américaine contenant des données de plus de 50 000 patients admis en réanimation. Il s’agit de l’une des bases de données de réanimation les plus utilisées, du fait de son accès gratuit.
Malgré des données d’une qualité imparfaite, elle constitue un bon socle pour apprendre à manipuler les données issues d’entrepôts de données de santé (EDS).
Elle existe en plusieurs versions, dont la plus récente est la MIMIC-IV.
Faut-il avoir des connaissances en programmation ?
Non, il n’est pas forcément nécessaire d’avoir des connaissances en programmation pour manipuler les données de cette base de données.
La manipulation de la base de données en elle-même nécessitera des connaissances en programmation, notamment en SQL. Il s’agit d’une base de données avec un schéma particulier, qui est difficile à prendre en main.
Cependant, il est possible de manipuler ces données entièrement avec une interface graphique : c’est une des raisons pour lesquelles LinkR a été créé.
Comment accéder aux données ?
La base de donneés MIMIC comporte pour les versions III et IV des bases tests, qui contiennent les données anonymisées de 100 patients et qui sont accessibles publiquement.
Vous pouvez télécharger les données ici :
- MIMIC-III test : données avec le schéma de données MIMIC
- MIMIC-IV OMOP test : données avec le schéma de données OMOP
Pour accéder aux bases de données complètes, il est nécessaire de valider quelques étapes.
Rendez-vous sur la page de la base MIMIC-III.
Vous verrez cet encadré tout en bas de la page :
- be a credentialed user
- complete required training:
- CITI Data or Specimens Only Research You may submit your training here.
- sign the data use agreement for the project
Vous devez donc commencer par vous inscrire sur le site physionet.org.
Vous devrez faire une demande d’accès à Physionet, en renseignant quelques informations et en donnant les coordonnées d’un superviseur ou d’un collègue, à qui un mail sera envoyé.
Vous devrez ensuite compléter le CITI Course, il s’agit d’une formation nécessaire afin d’accéder aux données hébergées sur le site Physionet. Les différentes étapes sont détaillées ici.
Vous pourrez ensuite télécharger le certificat une fois le CITI Course terminé, vous pourrez le le déposer ici pour validation par l’équipe de Physionet.
Il ne vous restera plus qu’à signer le data use agreement.